Transcription factor binding sites (TFBS) are usually, but not always, conserved during evolution. To better understand TFBS evolution I examined the cases of non-conservation for 1120 known human and mouse TFBS in the genomes of 11 mammals and the reconstructed genomes of their ancestors. Novel TFBS appeared frequently, even near conserved ancestral sites, but site gain was significantly more probable when an ancestral site was lost (TFBS turnover). 165 human TFBS and 113 mouse TFBS have evolved de novo since divergence from the boreoeutherian ancestor and are absent in other lineages. Putative TFBS and sequences that differ from TFBS by one substitution are more abundant near known TFBS than expected by chance. Apparent enrichment and clustering of weak TFBS result from local variations in CG frequency. / Les sites de fixation des facteurs de transcription (TFBS) sont souvent, mais pas toujours, conservés pendant l'évolution. Afin de mieux comprendre leur évolution, j'ai examiné les cas de non-conservation de 1120 TFBS connus chez l'homme et la souris dans les génomes d'onze mammifères et les génomes reconstruits de leurs ancêtres. De nouveaux TFBS se sont développés fréquemment, même près des sites ancestraux conservés, mais le gain d'un site était significativement plus probable quand un site ancestral avait disparu. 165 TFBS de l'homme et 113 TFBS de la souris ont évolué de novo depuis leur divergence de l'ancêtre boreoeuthérien et sont absents des autres lignées. Les TFBS putatifs et les séquences qui diffèrent des TFBS par une substitution sont plus abondants qu'attendu par hasard auprès des TFBS connus. L'enrichissement et rassemblement apparents des TFBS faibles sont des résultats des variations locales dans l'abondance de C et G.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.18293 |
| Date | January 2007 |
| Creators | Reid, Ian Duncan |
| Contributors | Mathieu Blanchette (Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Master of Science (School of Computer Science) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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