The signals that facilitate transcriptional and post-transcriptional gene expression regulation are still being understood. Comparative genomics approaches based on the premise that sequence or structure conservation implies functionality have successfully distinguished true regulatory sequences and structures from prediction noise. Protein-coding regions of genes have often been overlooked as potential regulatory sequence regions. A set of 8785 coding region sequences were previously found to be conserved significantly above a baseline protein-coding conservation level. We call these sequences coding regions under non-coding selection or CRUNCS. Analysis of the sequences, the primary contribution of this work, revealed that CRUNCS bases are more often found in coding exon edges and in middle coding exons. CRUNCS-containing genes are more significantly enriched for regulation of transcription and translation, protein ubiquitination, and mRNA processing. CRUNCS are significantly enriched for RNA secondary structure elements. We also uncovered statistical evidence linking CRUNCS to gene splicing regulation. / Les méthodes de génomique comparatives qui sont tirées de la prémisse que la conservation de la séquence ou de la structure implique la conservation de la fonctionnalité, sont parvenues à identifier de vrais signaux régulateurs. Les régions codantes ont souvent été négligées comme des régions potentiellement régulatrices. Un ensemble de 8785 séquences de ces régions plus conservées que prévues a été précédement identifié. L'analyse de ces séquences appelées CRUNCS a révélé que les acides nucléiques des CRUNCS sont plus nombreux aux extrémités des exons et dans les exons centraux. Les gènes contenants des CRUNCS sont enrichis des catégories fonctionnelles comprenant : la régulation de la transcription et la traduction, l'ubiquitination des protéines et le traitement des ARNm. Les CRUNCS sont enrichis d'éléments de structure secondaire de l'ARN. Nous avons aussi découvert des preuves statistiques démontrant que les CRUNCS jouent un rôle dans la régulation de l'épissage des gènes.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.21995 |
| Date | January 2008 |
| Creators | Mayhew, Michael |
| Contributors | Mathieu Blanchette (Internal/Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Master of Science (School of Computer Science) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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