Pantoea agglomerans CPA-2 es un agente de biocontrol (ACB) eficaz en el control de enfermedades de postcosecha en fruta de pepita y cítricos. No obstante, para implementar y registrar su uso como estrategia práctica de control en Europa es importante evaluar la capacidad del ACB para colonizar, persistir y propagarse en condiciones habituales de aplicación con un método de detección que permita diferenciar al antagonista del resto de la microbiota. La presente tesis doctoral tuvo como objetivo fundamental el desarrollo de técnicas moleculares para la detección y cuantificación específica de CPA-2 en su proceso de formulación y en su entorno de aplicación (pre- y postcosecha). Para cumplir este objetivo, en primer lugar se desarrolló y validó la técnica de qPCR, pero se observó la limitación de esta técnica al no discriminar entre el ADN de las células viables y las no viables de la superficie de manzanas conservadas a medio y largo plazo. Esta limitación se superó con un pre-tratamiento de las muestras con propidio de monoazida (PMA) en combinación con la qPCR (PMA-qPCR). Posteriormente, la técnica desarrollada del PMA-qPCR se aplicó para determinar la supervivencia del ACB después de su formulación por liofilización, lecho fluido y atomización pero también para evaluar su dinámica poblacional sobre la superficie de naranjas tratadas en pre- y postcosecha, siendo el primer estudio donde se aplica a un ACB. Finalmente, se estudió la persistencia de CPA-2 en tratamientos de pre- y postcosecha, confirmando su presencia mediante PCR convencional. Los resultados de esta tesis demuestran la versatilidad de las técnicas moleculares basadas en la PCR (qPCR, PMA-qPCR y PCR convencional) para detectar y cuantificar la población de CPA-2 durante su formulación y en las condiciones ambientales de aplicación. Así como la limitada dispersión y baja persistencia de CPA-2 en su entorno de aplicación. / Pantoea agglomerans CPA-2 és un agent de biocontrol (ACB) eficaç en el control de malalties de postcollita en fruita de llavor i cítrics. No obstant, per implementar i registrar el seu ús com estratègia pràctica de control a Europa és important avaluar la capacitat de l’ACB per colonitzar, persistir i propagar-se en condicions habituals d’aplicació amb un mètode de detecció que permeti diferenciar a l’antagonista de la resta de la microbiota. La present tesis doctoral va tenir com objectiu fonamental el desenvolupament de tècniques moleculars per a la detecció i quantificació específica de CPA-2 en el seu procés de formulació i en el seu entorn d’aplicació (pre- i postcollita). Per complir aquest objectiu, en primer lloc es va desenvolupar i validar la tècnica de qPCR, però es va observar la limitació d’aquesta tècnica al no discriminar entre el ADN de les cèl·lules viables i les no viables de la superfície de pomes conservades a mig i llarg termini. Aquesta limitació es va superar amb un pretractament de les mostres amb propidi de monoàcida (PMA) en combinació amb la qPCR (PMA-qPCR). Posteriorment, la tècnica desenvolupada del PMA-qPCR es va aplicar per determinar la supervivència de l’ACB després de la seva formulació per liofilització, llit fluït i atomització però també per avaluar la seva dinàmica poblacional sobre la superfície de taronges tractades en pre- i postcollita, sent el primer estudi on s’aplica a un ACB. Finalment, es va estudiar la persistència de CPA-2 en tractaments de pre i postcollita, confirmant la seva presència mitjançant PCR convencional. Els resultats d’aquesta tesis demostren la versatilitat de las tècniques moleculars basades en la PCR (qPCR, PMA-qPCR i PCR convencional) per detectar i quantificar la població de CPA-2 durant la seva formulació i en les condicions ambientals d’aplicació. Així com la limitada dispersió i baixa persistència de CPA-2 en el seu entorn d’aplicació. / Pantoea agglomerans CPA‑2 is a biocontrol agent (ACB) effective in the control of postharvest diseases in pome fruit and citrus. However, in order to implement and register the use of this ACB as a practical control strategy in Europe, it is first necessary to evaluate the ability of the antagonist to colonize, persist and spread in its normal operating conditions with a screening method to identify and quantify the ACB of the rest of the microbiota. The main goal of the present thesis was the development of molecular techniques for the identification and quantification of CPA‑2 strain in its formulation and application in the environment (pre- and postharvest). To achieve this objective, the development and validation of qPCR technique was due at first, however this technique was not able to discriminate between the DNA of viable and non‑viable cells of apple surface stored at middle and long time. This limitation was overcome by treating the samples with the DNA intercalator, propidium of monoazide (PMA), combined with qPCR (PMA‑qPCR). Furthermore, PMA‑qPCR technique was applied to determine the survival of CPA‑2 after its formulation by freeze drying, spray drying and fluidized bed drying; and to assess the population dynamics of the antagonist on the surface of pre‑treated and postharvest oranges, it was the first study where this technique was applied in ACB. Finally, CPA‑2 persistence in pre‑ and postharvest treatment was studied and its presence was confirmed by conventional PCR. The results presented in this thesis demonstrate the versatility of molecular techniques based on PCR (qPCR, PMA‑qPCR and conventional PCR) to detect and quantify P. agglomerans CPA‑2 in normal operating conditions.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:TDX_UDL/oai:www.tdx.cat:10803/285968 |
| Date | 11 December 2014 |
| Creators | Soto Muñoz, Lourdes |
| Contributors | Teixidó i Espasa, Neus, Torres Sanchis, Rosario, Viñas Almenar, Inmaculada, Universitat de Lleida. Departament de Tecnologia d'Aliments |
| Publisher | Universitat de Lleida |
| Source Sets | Universitat de Lleida |
| Language | Spanish |
| Detected Language | Spanish |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Format | 234 p., application/pdf |
| Source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Rights | L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0025 seconds