Résumé: La subérine, un polymère lipidique et complexe des plantes est retrouvé dans divers tissus dont le périderme de la pomme de terre. Le processus biologique de sa dégradation reste encore peu connu et est attribué aux champignons. Des échantillons de sol provenant d'un champ de pommes de terre ont été inoculés dans un milieu de culture contenant de la subérine comme source de carbone. Une approche métaprotéomique a été utilisée pour identifier les populations bactériennes qui se développent en présence de la subérine sur une période d'incubation de 60 jours. Le nombre de spectres normalisé (NSpC) des protéines extracellulaires produites par la communauté bactérienne du sol ont considérablement diminué du jour 5 au jour 20, puis ont augmenté lentement, révélant une succession de bactéries, où la population des bactéries du genre Pseudomonas à croissance rapide a diminué et a été remplacée par d’autres espèces bactériennes qui pouvaient se développer en présence de la subérine. La récalcitrance de la subérine a été démontrée par l'émergence de bactéries auxotrophes telles qu’Oscillatoria dans les derniers jours de la culture bactérienne. Néanmoins, l'identification de deux lipases dans le surnageant de la culture suggère qu'au moins certaines espèces bactériennes peuvent dégrader la subérine. Une des lipases (I4WGM2) a été associée à Rhodanobacter thiooxydans. Lorsque cultivée dans un milieu contenant de la subérine, la souche de R. thiooxidans LCS2 a produit trois lipases, dont I4WGM2. R. thiooxidans LCS2 a également produit d'autres protéines liées au métabolisme des lipides, des transporteurs de chaines d’acide gras et les enzymes de la [béta]-oxydation. Ceci suggère que R. thiooxydans pourrait participer à la dégradation de la subérine. / Abstract: Suberin is a complex lipidic plant polymer found in various tissues including potato periderm. The biological degradation process of suberin is poorly characterized and is attributed to fungi. Soil samples from a potato field were used to inoculate a culture medium containing suberin as carbon source and a metaproteomics approach was used to identify bacterial populations that develop in the presence of suberin, over a 60-day incubation period. The normalized spectral counts of predicted extracellular proteins produced by the soil bacterial community drastically decreased from day 5 to day 20 and then slowly increased, revealing a succession of bacteria. The population of fast-growing pseudomonads declined and was replaced by species that could develop in the presence of suberin. The recalcitrance of suberin was demonstrated by the emergence of auxotrophic bacteria such as Oscillatoria in the last days of the assay. Nevertheless, the identification of two putative lipases in the culture supernatants suggests that at least some bacterial species could degrade suberin. One of the lipases (I4WGM2) was associated with Rhodanobacter thiooxydans. When grown in a suberin-containing medium, R. thiooxydans strain LCS2 produced three lipases, including I4WGM2. This strain also produced other proteins linked to lipid metabolism, including fatty acid and lipid transporters and [beta]-oxidation enzymes, suggesting that R. thiooxydans could participate in suberin degradation.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:usherbrooke.ca/oai:savoirs.usherbrooke.ca:11143/8060 |
| Date | January 2015 |
| Creators | Sidibe, Amadou |
| Contributors | Beaulieu, Carole, Toussaint, Vicky |
| Publisher | Université de Sherbrooke |
| Source Sets | Université de Sherbrooke |
| Language | French, English |
| Detected Language | French |
| Type | Mémoire |
| Rights | © Amadou Sidibe |
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