The regulation of gene expression is driven primarily by transcription factors binding to short DNA sequences. Here three studies related to promoter cis-regulatory motif discovery in plant promoters are presented. In the first study, an exact discriminative seeding DNA motif discovery addressing key issues associated with popular DNA motif discovery algorithms is proposed. The Seeder algorithm outperforms popular motif discovery tools on biological benchmark data. In the second study, the algorithm is applied to the identification of cis-regulatory motifs in seed storage protein gene promoters. Known and new motifs are discovered. In the third study, groups of orthologous genes are identified among five dicotyledonous plant species, and DNA motif discovery is carried out in the proximal promoter sequence within each group. The presence of three large clusters of groups of orthologous promoters sharing similar motifs is revealed. / L'expression des gènes est régulée, en grande partie, par la liaison des facteurs de transcription à de courtes séquences d'ADN. Trois études sont présentées, portant sur l'identification in silico de motifs régulateurs dans les séquences promotrices de gènes végétaux. Dans la première étude, un algorithme d'initiation discriminative exacte est présenté. L'algorithme surpasse plusieurs algorithmes populaires lorsque appliqué à des données biologiques de référence. Dans la deuxième étude, l'algorithme est utilisé pour l'identification de motifs cis-régulateurs conservés dans les promoteurs de gènes de protéines de réserve des graines chez diverses espèces végétales. Des motifs connus ainsi que de nouveaux motifs sont identifiés. Dans la troisième étude, des groupes de gènes orthologues sont identifiés chez cinq espèces dicotylédones, et une recherche de motifs cis-régulateurs est réalisée dans les séquences promotrices proximales pour chaque groupe. La présence de trois larges grappes de groupes d'orthologues partageant des motifs similaires est mise en évidence.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.86926 |
| Date | January 2010 |
| Creators | Fauteux, François |
| Contributors | Martina Stromvik (Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Doctor of Philosophy (Department of Plant Science) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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