Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Resumo: A toxicogenômica é uma área de estudo que se utiliza de dados provindos de tecnologias das ciências ômicas e de metodologias de análise de dados da bioinformática para caracte- rizar perfis biológicos de compostos a fim realizar um estudo sobre seu comportamento no sistema biológico. Um dos problemas na análise de dados de expressão gênica é que existem diversas metodologias disponı́veis, cada uma aborda os dados brutos de maneira diferente e consequentemente fornecem resultados diferentes. Porém estes resultados não estão necessa- riamente errados, por essa razão abordar dados toxicogenômicos de diversas maneiras pode ajudar pesquisadores a tecer hipóteses sobre os mecanismos das drogas. Isso pode implicar em redução de custos na fase pré-clı́nica do desenvolvimento de medicamentos e numa melhor qualidade de tratamento para os pacientes. A abordagem mais comum na análise de dados de expressão gênica é o enriquecimento funcional dos genes que se mostrem diferencialmente expressos. Entretanto é possı́vel que informações relevantes possam ser obtidas utilizando métodos com outras considerações. Para avaliar esta hipótese o presente trabalho tem por objetivo analisar dados de expressão gênica disponı́veis em bases de dados on-line referentes a 3 drogas antineoplásicas testadas em fı́gado de Rattus norvergicus (estudos in vivo e in vi- tro) e Homo sapiens (estudo in vivo apenas) para avaliação de ontologias alteradas em cada droga. Duas metodologias de bioinformática foram utiliz... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Toxicogenomics is an area that uses data generated by omics technologies and bioinformatics to characterize biological profiles of chemical compounds in order to analyze the biological system’s behavior in response to said compounds. A commom problem in the analysis of gene expression data is the large amount of methodologies available, each one approaches the raw data differently and consequently provide different results. But these results are not necessarily wrong, for that reason approaching toxicogenomic data in several ways may help researchers to hypothesize about a drug’s mechanisms. This may imply cost reduction in the pre-clinical phase of drug development and in a better quality of treatment for patients. The most common approach in the analysis of gene expression data is the functional enrichment of differentially expressed genes (EFDEGs). However, it is possible that relevant information can be obtained using methods with other considerations. To evaluate this hypothesis this work aims to analyze gene expression data available in the OPEN TG-GATEs online database about 3 antineoplastic drugs tested in the liver of Rattus norvergicus (in vivo and in vitro) and Homo sapiens (in vivo only) for the evaluation of altered ontologies in each drug. Two bioinformatics methodologies were used to analyze these data. The traditional analysis of differentially expressed genes (EFDEGs) and the analysis of groups of functionally associated genes determined by shannon entropy (A... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UNESP/oai:www.athena.biblioteca.unesp.br:UEP01-000908106 |
| Date | January 2018 |
| Creators | Sanches Seco, Giordano Bruno |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu). |
| Publisher | Botucatu, |
| Source Sets | Universidade Estadual Paulista |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | computer file |
| Relation | Sistema requerido: Adobe Acrobat Reader |
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