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Previous issue date: 2006-08-17 / With the progress of the sequencing techniques and the inevitable increasing number of sequenced genomes, it becomes interesting studying computational techniques to analyze these data. One of the possible analyses refers to the extraction of functional and evolutionary characteristics of the studied organisms. Thus, in this line of research, this study is motivated in identifying common regions, in terms of the genes that they contain, in multiple proteomes that keep the order and the gene content. The problem is modeled with a colored graph, and the common regions between proteomes are like clicks in the graph. Using peculiarities of the constructed graph, an algorithm for search space reduction was developed, making it possible to get complete results in a short time. Therefore, the contribution of this work constitutes an approach to find common regions in multiple proteomes, added of an implementation from which the Multiple Proteome Comparison (MPC) tool originated. / Com o avanço das técnicas de seqüenciamento e o inevitável crescimento do número de genomas seqüenciados, torna-se necessário o uso de técnicas computacionais para analisar e gerenciar essa grande massa de dados. Uma das análises possíveis diz respeito à extração de características funcionais e evolutivas dos organismos estudados. Assim, nesta linha de pesquisa, este estudo preocupa-se em identificar regiões comuns, em termos dos genes que elas contêm, em múltiplos proteomas, que conservam a ordem e o conteúdo gênico. O problema é modelado com o auxílio de um grafo colorido, sendo que regiões comuns entre proteomas são como cliques no grafo. Aproveitando-se de peculiaridades do grafo construído, um algoritmo para redução do espaço de busca foi desenvolvido, possibilitando obter resultados completos em um pequeno espaço de tempo. Portanto, a contribuição deste trabalho constitui numa abordagem para encontrar regiões comuns em múltiplos proteomas, acrescida de uma implementação, que originou a ferramenta Multiple Proteome Comparison (MPC).
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/376 |
| Date | 17 August 2006 |
| Creators | Silva, Anderson Pegoraro |
| Contributors | Biajiz, Mauro |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Programa de Pós-graduação em Ciência da Computação, UFSCar, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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