Rim101p est un facteur de transcription qui est activé par cleavage N-terminale à pH alcalin. Il régule ainsi la réponse au pH et joue aussi un rôle majeur dans la pathogenèse de la levure Candida albicans. Mon projet est d'identifier et d'étudier des gènes de surface régulés par Rim101p qui ont une fonction dans l'interaction hôte-levure.<br />Une analyse du transcriptome suite à l'induction d'une forme tronquée et constitutivement active de Rim101p nous avait permis d'identifier et de classer 133 gènes qui semblent être des cibles de Rim101p. Les données des microarrays ont été confirmées pour 20 gènes par PCR quantitative, en utilisant des conditions plus physiologiques. <br />Plusieurs adhésines de la famille des gènes ALS (Agglutinin-Like-Sequence) qui comporte 8 gènes semblent être régulé par Rim101p. Certaines jouent un rôle important dans la formation des biofilms et ainsi dans la virulence de C.albicans. Malgré la grande ressemblance des gènes au niveau de leur séquence nous avons pu confirmer le rôle de Rim101p dans la régulation d'au moins deux gènes ALS (ALS1 et ALS4) dans une analyse de la famille entière en PCR quantitative avec des oligos gène-spécifiques. <br />Pour analyser la régulation de ces gènes au niveau de leur promoteur, des fusions avec le gène rapporteur « LacZ » ont été intégré dans le génome de C. albicans et l'activité de la Β-Galactosidase a été quantifiée en fonction du pH et de la présence ou absence de Rim101p. Nous avons abandonné ce projet car les résultats n'étaient pas reproductibles et cohérents avec les quantifications directes des transcripts. <br />Finalement nous avons utilisé une souche qui porte une version étiquetée de Rim101 avec l'étiquette V5 pour essayer de mettre en évidence par in vivo chromatine immunoprécipitation (ChIP) que les promoteurs sont des cibles directes de Rim101p. Nos résultats indiquaient un enrichissement <br />Dans un dernier projet, nous avons essayé de mettre en évidence par des approches d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) que les promoteurs étient des cibles directes de Rim101p en utilisant une souche qui exprimait une version de Rim101p étiquetée avec l'épitope V5. Nous avons observé un plus grand nombre des promoteurs cibles dans les échantillons pris à pH alcalin que dans ceux pris à pH acides. Toutefois, ces résultats n'étaient pas très solides, car la reproductibilité était faible et nous avons occasionnellement observé un enrichissement similaire pour des promoteurs non-régulés utilisés comme contrôles dans ces expériences.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:CCSD/oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-00165802 |
| Date | 06 July 2007 |
| Creators | Weyler, Michael |
| Publisher | Université Paris Sud - Paris XI |
| Source Sets | CCSD theses-EN-ligne, France |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | PhD thesis |
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