Current safety assessment for novel crops, including transgenic crops, uses a targeted approach, which determines crop safeness by assessing the content of a few specific chemical components. However, microarray technology can simultaneously assess the whole transcriptome and can therefore be used to analyze target genes as well as unintended effects. In this study, we used this technique as a non-targeted approach. Gene expression data from a microarray experiment with five soybean cultivars was analyzed using bioinformatics. Two cultivars were transgenic (RoundUp®) and three were non-transgenic. We show that the variation in gene expression between transgenic and non-transgenic soybean is less than that between non-transgenic cultivars. A MySQL database coupled with CGI web interfaces was developed to store and present the results (http://thor.agrenv.mcgill.ca/cgi-bin/soy/soybean.cgi). By integrating the microarray data with gene annotations and other soybean data, a comprehensive view of differences in gene expression can be explored between cultivars. / Les méthodes actuelles d'évaluation du risque pour des cultures nouvelles, incluant les cultures transgéniques, utilisent une approche ciblée; elles évaluent le contenu en composés chimiques spécifiques. La technologie des micropuces étant maintenant disponible, il est possible d'évaluer la totalité du transcriptome. Nous avons utilisé cette technologie comme approche non-ciblée. Dans la présente étude, les données d'expériences de micropuces comparant l'expression des gènes de cinq cultivars de soja sont analysées par des méthodes bioinformatiques. Deux de ces cultivars sont des soja transgéniques RoundUp® et trois sont non-transgéniques. Nous montrons que la variation de l'expression des gènes entre soja transgéniques et non-transgéniques est moins grande qu'entre des cultivars non-transgéniques. Une base de données MySQL et une interface web CGI ont été développées pour entreposer et récupérer les données. L'intégration avec d'autres données sur le soja a rendu possible l'exploration de données génétiques globales entre cultivars en terme de fonctions biologiques.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.18455 |
| Date | January 2007 |
| Creators | Cheng, Kei Chin |
| Contributors | Marc Fortin (Supervisor2), Martina Stromvik (Supervisor1) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Master of Science (Department of Plant Science) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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