Initiation is the rate-limiting step in the process of translation, which is a complex process that requires the participation of numerous translation initiation factors (eIFs). The poly (A)-binding protein (PABP) interacts simultaneously with the poly(A) tail of mRNAs and the scaffolding protein eIF4G to mediate mRNA circularization resulting in the stimulation of protein translation. PABP is regulated by the PABP-interacting protein, Paip1. Paip1 is thought to act as a translational activator in 5' cap dependent translation by interacting with PABP and the initiation factors eIF4A and eIF3. In this study, the X-ray crystal structure of the middle domain of Paip1 (MPaip1; spanning 157-371) has been determined to a 1.7 Å resolution, revealing a crescent-shaped domain consisting of ten alpha helices arranged as five α-HEAT repeats. I show that the interaction of full-length Paip1 with eIF4A is very weak, suggesting that it is merely a stabilizing interaction in the translation initiation complex. Binding analysis between MPaip1 and eIF4A utilizing pull-down experiments, isothermal titration calorimetry and surface plasmon resonance, show that unlike MIF4G (the middle of domain of eIF4G), MPaip1 does not bind eIF4A. This suggests that the weak interaction between Paip1 and eIF4A is mediated by residues upstream or downstream of the middle domain. / L'initiation est l'étape déterminante de vitesse de réaction dans la traduction, un processus complexe qui requiert la participation d'un grand nombre de facteurs d'initiation. PABP (la protéine qui se lie à la queue poly(A) de l'ARNm) interagit simultanément avec l'ARNm et la protéine d'échaffaudage eIF4G, ce qui déclenche la circularization de l'ARNm et stimule la synthèse de protéines. PABP est régulée par la protéine Paip1. Paip1 est suggérée être activatrice du processus de traduction medié par la coiffe 5' de l'ARNm, par son interaction avec PABP et les facteurs d'initiation eIF4A et eIF3. Dans cette étude, la structure du domaine du milieu de Paip1 (Mpaip1, comprenant 157-371) a été résolué à travers la cristallographie par rayons X, à une résolution de 1.7 Å. Cette structure a révélé un domaine en forme de croissant, contenant 10 hélices alpha formant cinq HEAT repeats. Je montre que l'interaction du domaine complet de Paip1 avec eIF4A est très faible, suggérant qu'elle constitute simplement une interaction stabilizante dans le complexe d'initiation de traduction. Une analyse de l'interaction entre Mpaip1 et eIF4A en utilisant des expériences de pull-down, ITC et SPR, montre qu'au contraire de MIF4G (le domaine du milieu de eIF4G), Mpaip1 ne se lie pas à eIF4A. Cela suggère que l'interaction faible entre Paip1 et eIF4A est médiée par des résidues en montée ou en aval du domain du milieu.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.86731 |
| Date | January 2010 |
| Creators | Kanaan, Ahmad |
| Contributors | Bhushan Nagar (Internal/Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Master of Science (Department of Biochemistry) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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