Now that the genome has successfully been sequenced, the next aim will be to characterize and annotate features. With the development of high resolution tools, such as Chromosome Conformation Capture (3C) technology, the 3-dimensional architecture of large linear spans of DNA can be determined. We have established that the mouse HoxA gene cluster is structured in such a way as to contain four distinct looping regions with a central interacting rosette core in its resting pluripotent state. This central core feature might directly affect the spatiotemporal regulation of the Hox genes during normal development as well as differentiation via retinoic acid administration in the P19 embryonal carcinoma cell line. The DNA looping might be mediated by cis-regulatory elements, which could function in a cooperative manner to regulate HoxA gene expression. Regulatory elements might include the previously identified retinoic acid response elements (RAREs) known to mediate specific developmental cues. Interestingly, Hox genes expressed earlier and more anteriorly are within loops containing higher amounts of identified RAREs as well as other conserved non-coding sequences that also appear to play a potential role in orchestrating the collinear mechanism of action. Loops containing the more 5' located genes have fewer regulatory elements and therefore may respond later to developmental cues. / Maintenant que le génome été séquencé avec succès, le but suivant sera de caractériser et annoter les caractéristiques regulataire. Avec le développement d'instruments de haute résolution, comme la technologie du Capture de Conformation Chromatin (3C), l'architecture 3- dimensionnelle de grandes durées linéaires d'ADN peut être déterminée. Nous avons établi que le groupe de gène de HoxA dans la souris est structurée d'une telle façon pour contenir quatre régions boucles distinctes avec un centre de rosette réagissant réciproquement central dans son état de reposant pluripotent. On croit que cette caractéristique centrale de base directement affecte le règlement spatiotemporel des gènes Hox pendant le développement normal aussi bien que la différentiation via l'administration acide rétinoïque dans le P19 ligne de cellule de carcinome. Les éléments cis-de-contrôle responsables de définir ces boucles ont l'air de fonctionner dans une manière coopérative dans laquelle le pluripotent HoxA l'état est plein d'assurance de réagir à l'administration acide rétinoïque dans une manière colinéaire contrôlée d'expression de gène. Auparavant identifié les éléments de réponse acide rétinoïque (ERARs) sont organisés pour tenir compte de la réorganisation dynamique du groupe sur la réception de signaux spécifiques du développement. Les gènes de Hox ont exprimé tôt et sont plus antérieurement dans les boucles qui contiennent de plus hautes quantités de ERARs identifié aussi bien que d'autres ordres de non-codification conservés qui ont aussi l'air de jouer un rôle potentiel dans le fait d'orchestrer le mécanisme colinéaire d'action.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.86870 |
| Date | January 2010 |
| Creators | Pinchuk, Matthew |
| Contributors | Josee Dostie (Internal/Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Master of Science (Department of Biochemistry) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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