The scaffolding protein intersectin1 is involved in clathrin-mediated endocytosis, apoptosis, signal transduction and regulation of cytoskeletal rearrangements. Thus, understanding the interactions of intersectin1 with other proteins has important consequences for cell biology. It had previously been shown that Cdc42 GTPase-activating protein (CdGAP) is inhibited by intersectin1, resulting in increased actin polymerization and lamellipodia formation. The central basic-rich region of CdGAP has been shown to bind to the intersectin1 SH3D, despite not containing any previously described SH3 binding motifs. Several CdGAP peptides from its basic-rich region were found to bind to the intersectin1 SH3D in peptide array experiments, and therefore were proposed to contain novel SH3 binding motifs. Binding of a peptide causes specific chemical shift perturbations in the nuclear magnetic resonance (NMR) spectrum of a protein. In this study NMR spectroscopy was used to validate the interaction of the intersectin1 SH3D domain with peptides from several putative binding partners. The basic-rich CdGAP peptides identified in the peptide array experiments did not bind to recombinant intersectin1 SH3D in NMR titrations. Two peptides from dynamin containing typical SH3 binding motifs did not bind to intersectin1 SH3D; however, a longer proline-rich peptide from synaptojanin binds weakly. Based on homology to this synaptojanin peptide, a novel CdGAP peptide was identified that did bind to the intersectin1 SH3D. Chemical shift data was used to map the binding sites of each peptide onto the previously published structure of intersectin2 SH3D. The binding sites of the two peptides overlap, and include residues that are highly conserved amongst SH3 domains. This is the first identification of a peptide from CdGAP that binds to intersectin1 SH3D, and its homology to the synaptojanin peptide helps define the atypical binding motif of the intersectin1 SH3D domain. This study se / La protéine structurale intersectine1 est impliquée dans l'endocytose, l'apoptose, la transduction de signaux ainsi que la régulation des réarrangements du cytosquelette. La compréhension des interactions d'intersectine1 avec d'autres protéines a des conséquences importantes pour la biologie cellulaire. L'activité de la protéine activatrice de la GTPase Cdc42 (CdGAP) est empêchée par l'intersectine1 ce qui augmente la polymérisation des d'actine. La région centrale basique de CdGAP qui contrôle la liaison de la protéine avec ses substrats ne contient aucun motif qui se lie aux domaines SH3. Quelques peptides de de cette région se lient à intersectine1 SH3D en utilisant un criblage d'une banque de peptides, et ont été proposés de contenir des motifs SH3 nouveaux. La liaison avec un peptide entraîne des perturbations de déplacements chimiques dans le spectre de résonance magnétique nucléaire (RMN) d'une protéine. Dans cette recherche, la RMN fut utilisée pour étudier l'interaction du domaine SH3D de l'intersectine1 avec des peptides de quelques associés putatifs. Les peptides de CdGAP qui furent identifiés lors du criblage d'une banque de peptides ne se lient pas à l'intersectine SH3D recombinante. Deux peptides de la protéine dynamine qui contiennent des motifs SH3 typiques ne se lient pas avec l'intersectine1 SH3D, mais un plus long peptide de synaptojanine, riche en proline, se lie faiblement. Un peptide de CdGAP, identifiée par homologie avec ce peptide, s'est aussi lié. Les changements de déplacements chimiques furent utilisées pour déterminer le site de liaison sur la structure de l'intersectine2 SH3D. Les sites de liaison des deux peptides se superposent. Cette liaison se produit avec des acides aminés qui sont conservés parmi les domaines SH3. Ceci est le premier peptide de CdGAP qui se lie à l'intersectine1 SH3D. Son homologie au peptide de synaptojanine peut aider la caractérisation de ce motif de liai
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.87005 |
| Date | January 2010 |
| Creators | Parnas, Henrietta |
| Contributors | Kalle Burgess Gehring (Internal/Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Master of Science (Department of Biochemistry) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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