The gene product of MMAA is required for the intracellular metabolism of cobalamin (Cbl). Mutations in this gene lead to the cblA class of disorders, characterized by isolated methylmalonic aciduria. We have been concerned that somatic cell methods of diagnosis may miss patients with mild cellular phenotypes. A high resolution melting (HRM) analysis assay was developed to rapidly scan the coding exons and flanking intronic regions of the MMAA genes for variants. DNA from 96 unaffected reference individuals, 72 patients with complementation confirmed cblA, and 181 patients with elevated isolated methylmalonic acid, who could not be diagnosed using complementation analysis, were scanned by HRM. Suspected variants were confirmed using Sanger sequencing. In the cblA cohort, HRM correctly identified all previously known mutations as well as an additional 22 variants, 10 of which had not been previously reported. Novel variants included one duplication (C.551dupG, p.C187LfsX3), one deletion (c.387delC, p.Y129YfsX13), one splice site mutation (c.440-2A>G, splice site), 4 missense mutations (c.748G>A, p.E520K; c.820G>A, p.G274S; c.627G>T, p.R209S; c.826A>G, p.K276E), and 3 nonsense mutations (c.960G>A, p.W320X; c.1075C>T, p.E359X; c.1084C>T, p.Q362X). All novel missense variants, listed above, affect highly conserved residues and are predicted to be damaging. Scanning of MMAA in the 181 undiagnosed samples revealed a single novel heterozygous missense change (c.821G>A, p.G274D). / Le produit génique du MMAA est nécessaire pour le métabolisme de la cobalamine intracellulaire (Cbl). Des mutations dans ce gène conduisent à la classe de maladies cblA, caractérisé par l'acidurie méthylmalonique isolée. Nous avons été concernés que les méthodes de diagnostic de cellules somatiques peuvent manquer les patients atteints phénotypes cellulaires moins sévère. Une teste de fusion à haute résolution a été développé pour balayer rapidement les exons codantes et les régions introniques adjacentes du gène MMAA pour des variantes. Nous avons testé l'ADN à partir de 96 personnes de référence qui ne sont pas touchés, 72 patients atteints de cblA confirmé par complémentation et 181 patients présentant une élévation de l'acide méthylmalonique isolée, qui ne pouvaient pas être diagnostiquée à l'aide d'analyse de complémentation. Les variantes suspectes ont été confirmées à l'aide de séquençage Sanger. Dans la cohorte cblA, l'analyse de fusion à haute résolution a correctement identifié toutes les mutations connues antérieurement, ainsi que 22 autres variantes, dont 10 n'avaient pas été signalés précédemment. Nouveaux variantes inclus une duplication (C.551dupG, p.C187LfsX3), une délétion (c.387delC, p.Y129YfsX13), une mutation du site d'épissage (c.440-2A> G, site d'épissage), 4 mutations faux-sens (c. 748G> A, p.E520K; c.820G> A, p.G274S; c.627G> T, p.R209S; c.826A> G, p.K276E), et 3 mutations non-sens (c.960G> A, p.W320X; c.1075C> T, p.E359X; c.1084C> T, p.Q362X). Toutes les variantes faux-sens nouveaux, énumérés ci-dessus, affectent des résidus hautement conservés et sont prévus pour être endommageant. L'analyse de MMAA dans les 181 échantillons non diagnostiqués a révélé un seul changement faux-sens hétérozygote (c.821G> A, p.G274D).
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.110535 |
| Date | January 2012 |
| Creators | Dempsey Nunez, Laura |
| Contributors | Brian Gilfix (Internal/Cosupervisor2), David Rosenblatt (Internal/Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Master of Science (Department of Human Genetics) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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