La connaissance de la structure tridimensionnelle (3D) des protéines est une information capitale. Néanmoins, le nombre de protéines dont la structure 3D a été déterminée expérimentalement est cent fois plus faible que le nombre de protéines connues aujourd'hui. Cet écart ne pourra pas être comblé, car les techniques expérimentales de détermination de structure (diffraction de rayons X et résonance magnétique nucléaire) sont coûteuses et lentes (un an de travail en moyenne pour une seule protéine).
Un moyen d'obtenir plus rapidement la structure 3D de protéines est de la prédire par des moyens bioinformatiques. La technique de prédiction la plus précise actuellement est la modélisation par homologie. Celle-ci est basée sur la similitude de structure entre deux protéines de séquences similaires. L'étape critique de cette méthode est l'étape d'alignement entre la séquence à modéliser et une séquence similaire de structure connue.
Notre travail a consisté tout d'abord en la conception d'une nouvelle méthode d'alignement pairé très fiable. Cette méthode a ensuite été incluse dans un système automatique de modélisation par homologie: la bonne qualité des structures prédites par le système trouve en partie son origine dans le programme d'alignement utilisé.
Enfin, nous avons appliqué notre système de modélisation automatique à la modélisation de toutes les protéines déduites du génome d'une bactérie pathogène étudiée dans notre unité de recherche: Brucella melitensis. Cela nous a conduit à créer une banque de données structurales et fonctionnelles consacrée au génome de cette bactérie. Cette banque de données est devenue un outil de travail indispensable pour plusieurs équipes de recherche européennes qui étudient Brucella melitensis.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:BICfB/oai:fundp.ac.be:ETDFUNDP:FUNDPetd-02232005-111909 |
| Date | 26 September 2003 |
| Creators | Lambert, Christophe GF |
| Contributors | van Helden, Jacques, De Bolle, Xavier, Ruelle, Jean-Louis, Raes, Martine, Depiereux, Eric |
| Publisher | FUNDP |
| Source Sets | Bibliothèque interuniversitaire de la Communauté française de Belgique |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | text |
| Format | application/pdf |
| Source | http://edoc.bib.ucl.ac.be:61/ETD-db/collection/available/FUNDPetd-02232005-111909/ |
| Rights | unrestricted, J'accepte que le texte de la thèse (ci-après l'oeuvre), sous réserve des parties couvertes par la confidentialité, soit publié dans le recueil électronique des thèses FUNDP. A cette fin, je donne licence à FUNDP : - le droit de fixer et de reproduire l'oeuvre sur support électronique : logiciel ETD/db - le droit de communiquer l'oeuvre au public Cette licence, gratuite et non exclusive, est valable pour toute la durée de la propriété littéraire et artistique, y compris ses éventuelles prolongations, et pour le monde entier. Je conserve tous les autres droits pour la reproduction et la communication de la thèse, ainsi que le droit de l'utiliser dans de futurs travaux. Je certifie avoir obtenu, conformément à la législation sur le droit d'auteur et aux exigences du droit à l'image, toutes les autorisations nécessaires à la reproduction dans ma thèse d'images, de textes, et/ou de toute oeuvre protégés par le droit d'auteur, et avoir obtenu les autorisations nécessaires à leur communication à des tiers. Au cas où un tiers est titulaire d'un droit de propriété intellectuelle sur tout ou partie de ma thèse, je certifie avoir obtenu son autorisation écrite pour l'exercice des droits mentionnés ci-dessus. |
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