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Previous issue date: 2014 / CAPES / Desenvolvimento de um campo de força “coarse-grain” para
carboidratos. Doutorado em Química, orientador prof. Dr. Roberto Dias Lins Neto,
Departamento de Química Fundamental, Universidade Federal de Pernambuco,
Recife, Pernambuco, Brasil, 2014.
Na natureza, os carboidratos são geralmente encontrados na forma
polimérica e/ou complexados com outras biomoléculas, tais como proteínas,
lipídeos, etc. A descrição teórica do comportamento destes sistemas biomoleculares
requer simulações relativamente longas e consequentemente, computacionalmente
custosas. Uma maneira de diminuir os requerimentos computacionais é através do
uso de campos de força “coarse-grain” (CG). Nesta abordagem, grupos de átomos
são mapeados em esferas diminuindo o número total de partículas no sistema, mas
com o custo da perda de detalhes químicos. Neste trabalho desenvolvemos uma nova
maneira de expressar carboidratos de forma mais aproximada e combinando com o
modelo de água SPC CG GROMOS. O novo campo de força, denominado
PITOMBA, corretamente mapeia as conformações barco e cadeira, bem como, os
anômeros alfa e beta. A validação dos parâmetros são mostrados para as amilose V e
A e α-, β- and γ-ciclodextrinas (CD). Nosso trabalho abre a possibilidade de simular
sistemas contendo carboidratos e a termodinâmica de formação de complexos com
CDs com um ganho de tempo computacional de 1-2 ordens de grandeza em
comparação aos campo de força atomísticos.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpe.br:123456789/12510 |
| Date | 31 January 2014 |
| Creators | Rusu, Victor Holanda |
| Contributors | Lins Neto, Roberto Dias |
| Publisher | Universidade Federal de Pernambuco |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Breton |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPE, instname:Universidade Federal de Pernambuco, instacron:UFPE |
| Rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil, http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
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