La méthode ChIP-seq est une technologie combinant la technique de chromatine immunoprecipitation
avec le séquençage haut-débit et permettant l’analyse in vivo des facteurs
de transcription à grande échelle. Le traitement des grandes quantités de données ainsi
générées nécessite des moyens informatiques performants et de nombreux outils ont vu
le jour récemment. Reste cependant que cette multiplication des logiciels réalisant chacun
une étape de l’analyse engendre des problèmes de compatibilité et complique les
analyses. Il existe ainsi un besoin important pour une suite de logiciels performante et
flexible permettant l’identification des motifs. Nous proposons ici un ensemble complet
d’analyse de données ChIP-seq disponible librement dans R et composé de trois modules
PICS, rGADEM et MotIV. A travers l’analyse de quatre jeux de données des facteurs de
transcription CTCF, STAT1, FOXA1 et ER nous avons démontré l’efficacité de notre
ensemble d’analyse et mis en avant les fonctionnalités novatrices de celui-ci, notamment
concernant le traitement des résultats par MotIV conduisant à la découverte de motifs
non détectés par les autres algorithmes. / ChIP-seq is a technology combining the chromatin immunoprecipitation method
with high-throughput sequencing and allowing the analysis of transcription factors in
vivo on a genome wide scale. The treatment of such amount of data generated by this
method requires strong computer resources and new tools have been recently developed.
Though this proliferation of software performing only one step of the analyze leads to
compatibility problems and complicates the analysis. Thus, there is a real need for an
integrated, powerful and flexible pipeline for motifs identification. Here we proposed a
complete pipeline for the analysis of ChIP-seq data freely available in R and composed
of three R packages PICS, rGADEM and MotIV. Analyzing four data sets for the human
transcription factors CTCF, STAT1, FOXA1 and ER we demonstrated the efficiency of
or pipeline and highlighted its new features, especially concerning the processing of the
results by MotIV that led to the identification of motif not detected by other methods.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:umontreal.ca/oai:papyrus.bib.umontreal.ca:1866/6038 |
| Date | 10 1900 |
| Creators | Mercier, Eloi |
| Contributors | Gottardo, Raphaël |
| Source Sets | Université de Montréal |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | Thèse ou Mémoire numérique / Electronic Thesis or Dissertation |
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