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Entwicklung von PCR-Primern zum Nachweis von Genen des Chloraromaten-Abbaus in mikrobiellen Lebensgemeinschaften

In dieser Arbeit wurden PCR-Primer für den Nachweis von Genen des bakteriellen Chloraromaten-Abbaus entwickelt. Als Zielgene wurden hierfür die Gene der Chlorcatechol-1,2-Dioxygenasen und Chlormuconat-Cycloisomerasen des modifizierten ortho-Weges ausgesucht. Die entwickelten Primer wurden an verschiedenen Chloraromaten abbauenden Bakterien getestet. Es gelang dabei erstmals, Fragmente von Chlormuconat-Cycloisomerase-Genen aus alpha-Proteobakterien zu erhalten. Mit den neu entwickelten Primern zum Nachweis der Chlorcatechol-1,2-Dioxygenase-Gene wurden aus den Stämmen Burkholderia sp. 3CB-1 und Rhodococcus opacus 1CP auch Fragmente amplifiziert, die nur relativ geringe Ähnlichkeiten zu bereits bekannten Genen aufwiesen. Um die Sequenzdatenbasis für das Primerdesign zu erweitern, wurden außerdem Chlorcatechol-Gencluster aus zwei Vertretern der alpha-Proteobakterien kloniert und sequenziert. Aus dem Stamm Sphingomonas sp. TFD44 konnten dabei zwei verschiedene Gencluster charakterisiert werden, von denen nur eines einen kompletten Satz der Chlorcatechol-Gene enthielt. Die beiden Gencluster aus dem anderen Stamm, Sphingomonas sp. EML146, wiesen Homologien zu diesem Gencluster auf. Die Konstruktion einer Knockout-Mutante und Proteinanreicherungen ergaben Hinweise auf weitere Chlorcatechol-Abbaugene in Sphingomonas sp. TFD44.

Identiferoai:union.ndltd.org:DRESDEN/oai:qucosa.de:swb:105-3164695
Date25 November 2009
CreatorsThiel, Monika
ContributorsTU Bergakademie Freiberg, Chemie und Physik, Prof. Dr. rer. nat. Michael Schlömann, Prof. Dr. rer. nat. Michael Schlömann, Prof. Dr. rer. nat. Isolde Röske, PD Dr. rer. nat. Dietmar Pieper
PublisherTechnische Universitaet Bergakademie Freiberg Universitaetsbibliothek "Georgius Agricola"
Source SetsHochschulschriftenserver (HSSS) der SLUB Dresden
Languagedeu
Detected LanguageGerman
Typedoc-type:doctoralThesis
Formatapplication/pdf

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