The Particle Mesh Ewald (PME) method is used for efficient long-range electrostatic calculations in molecular dynamics (MD). In this project, PME is implemented for a single GPU alongside the existing CPU implementation, using the code base of an open source MD software GROMACS and NVIDIA CUDA toolkit. The performance of the PME GPU implementation is then studied. The motivation for the project is examining the PME algorithm’s parallelism, and its potential benefit for performance scalability of MD simulations on various hardware. / Particle Mesh Ewald (PME) metoden används inom molekyldynamiken (MD) för effektiva elektrostatiska beräkningar med långdistanspotentialer. I detta projekt, PME implementeras för ett enda GPU tillsammans med en redan existerande CPU implementation. Här används koden av den fri tillgängliga MD mjukvaran GROMACS samt NVIDIA CUDA programmeringsomgivningen. Hädanefter, prestandan av PME GPU implementationen studeras. Motivationen bakom projektet är att undersöka PME algoritmens parallelliserbarhet. Detta kan medföra en potentiell fördel för skalbarheten av prestandan för MD simulationer på olika hårdvaror.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-190048 |
| Date | January 2016 |
| Creators | Alexei, Iupinov |
| Publisher | KTH, Numerisk analys, NA |
| Source Sets | DiVA Archive at Upsalla University |
| Language | English |
| Detected Language | Swedish |
| Type | Student thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text |
| Format | application/pdf |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | TRITA-MAT-E ; 2016:43 |
Page generated in 0.0016 seconds