Titre du projet: Recherche de marqueurs moléculaires précoces de l’anomalie florale mantled du palmier à huile Objectifs : - identifier des marqueurs d’expression de la variation somaclonale mantled par comparaison entre les transcriptomes conformes et variants.- valider la capacité de discrimination des marqueurs sélectionnés lors des stades précoces du processus in vitro. Stratégie et Méthode: Analyse transcriptomique de l’inflorescence normale de palmier à huile et construction d’un transcriptome de référence. Technique : RNAseq, séquençage Illumina.Identification des séquences et voies de régulation d’intérêt. Technique: analyse bioinformatique des données de séquençage.Comparaison entre les trancriptomes issus d’inflorescences normales vs. mantled par re-séquençage de banques obtenues ) partir de différents génotypes clonaux. Technique : Illumina.Identification des séquences présentant de manière cohérente des profils d’expression dépendant du phénotype. Technique : analyse bioinformatique des données de séquençage, analyse statistique des profils d’expression. Validation des marqueurs candidats sur des paires de régénérants normal/mantled issus de lignées clonales variées, ainsi que sur des cultures in vitro à différents stades du processus de régénération. Technique : PCR quantitative (q-PCR). / Project title : Search for early molecular markers of the mantled floral variation of oil palmObjectives : - identifying expression markers of the mantled somaclonal variation through the comparison between the true-to-type and the variant transcriptome. - assessing the discriminating power of the selected markers at early stages of the in vitro process.Strategy and Methods : Transcriptomic analysis of the normal oil palm inflorescence, construction of a reference transcriptome. Technique : RNAseq, Illumina sequencing.Identification of sequences and pathways of interest. Technique : bioinformatic analysis of sequencing data.Comparison between the normal and the mantled inflorescence transcriptome through the re-sequencing of libraries generated from several different clonal lines. Technique : Illumina. Identification of sequences displaying consistently a phenotype-dependent differential expression pattern. Technique : bioinformatic analysis of sequencing data, statistical analysis of expression patterns. Validation of candidate markers on normal/mantled regenerant palm pairs from different clonal lines and on normal-/mantled-derived in vitro cultures at various stages of the industrial regeneration process. Technique : quantitative PCR (q-PCR).
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2015MONTS244 |
| Date | 15 December 2015 |
| Creators | Hooi, Wei Yeng |
| Contributors | Montpellier, Rival, Alain, Jaligot, Estelle |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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