Nous avons effectué une étude bibliographique intitulée “The diabetic foot microbiota: A review”. Cette revue a permis une réactualisation des données connues sur le microbiote du pied diabétique. Nous avons discuté le rôle des bactéries dans la pathogénèse de l’ulcère du pied diabétique et la différenciation entre l’infection et la colonisation bactérienne au niveau de la plaie ainsi que la superposition de l’approche moléculaire et la culture. Nous avons étudié le microbiote du pied diabétique infecté par culturomic. Il s’agit de varier les conditions de culture, puis identifier les colonies par MALDI-TOF ou par amplification et séquençage ARNr 16S. Cette technique s’est montrée efficace dans l’élargissement de l’éventail des bactéries identifiées. 53 espèces bactériennes différentes ont été identifiées à partir des échantillons de 43 patients. L’hétérogénéité et la richesse des plaies se sont montrées importantes. Staphylococcus aureus était l’espèce dominante. Nous nous sommes servis de tests statistiques pour évaluer l’influence que les facteurs cliniques chez les patients pourraient avoir sur la composition de cette flore et l’évolution de la plaie. On s’est orienté vers des souches spéciales « ExPEC » isolées des pieds diabétiques reconnues par leur virulence et impliquées dans des infections extra intestinales sévères. Nous avons disposé d’une collection de souches d’E Coli isolées des pieds diabétiques afin de mener une étude génétique. Nous sommes parvenus à amplifier les gènes de virulence, classer les souches par phylogroupes et les assembler dans des clones. En plus, nous avons réalisé un typage des souches ainsi qu’une exploitation des gènes de résistance. / We conducted a bibliographic study entitled "The Diabetic Foot Microbiota: a review". This review has offered an update of the data concerning the diabetic foot microbiota. We discussed the role of bacteria in the pathogenesis of diabetic foot ulcer, the differentiation between infection and bacterial colonization of the wound and the importance of superposing culture and molecular Tools.We studied the diabetic foot microbiota using the culturomics. It consists in varying the culture conditions and then to identify the colonies by MALDI-TOF or 16s rRNA amplification and sequencing. We decided to practice this technique on the diabetic foot microbiota because it has proven to be effective in broadening the range of identified bacteria. 53 different bacterial species were identified from the samples of 43 patients. The heterogeneity and richness of the wounds were elevated. Staphylococcus aureus was the dominant species. We used statistical tests to evaluate the influence that clinical factors in patients might have on the composition of this flora and the evolution of the wound. We targeted special strains « ExPEC »isolated from diabetic feet known to their virulance and involved in severe extra intestinal infections. We disposed of a collection of E Coli strains isolated from diabetic wounds to conduct a genetic study. We have managed to amplify the virulence genes, classify the strains by phylogroupes and assemble them in clones. In addition, we performed a strain typing as well as an exploitation of the resistance genes.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2018AIXM0266 |
| Date | 05 July 2018 |
| Creators | Jneid, Joanne |
| Contributors | Aix-Marseille, La Scola, Bernard |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | French, English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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