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Previous issue date: 2014-09-23 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The study of genetic diversity and detection of mutations to antiretroviral therapy is crucial for epidemiological surveillance of HIV-1, because it can provide information about the viral biology, guiding policies for prevention and treatment. From 2007 to 2012, Roraima ranks among the top five states with the highest incidence rates, from 2008 to 2010 occupied the second position. Likewise, the capital of Boa Vista in 2007 until 2011 also ranks among the five capitals with highest incidence rate. Data related to HIV-1 genotyping or related data on resistance mutations in the state are of fundamental importance to understand the local epidemic. In this context, this work has identified circulating HIV-1 subtypes; evaluated primary and secondary resistance in patients with HIV and described the frequency of the CCR5 gene polymorphism (rs333) in patients treated at the Central Laboratory of the State of Roraima / HIV Lab. A total of 121 samples were collected and regions of the proviral DNA of RT / PR, integrase and envelope genes were amplified and subjected to nucleotide sequencing. Human genomic DNA was only amplified and compared by electrophoresis. Demographic data were analyzed using descriptive statistics, while the genetic data were evaluated by several bioinformatics tools for analyzing: resistance, genotyping, phylogenetic reconstruction and viral tropism. A frequency of 9.17% for the human CCR5 genotype / CCR5Δ32 and 90.83% in relation to CCR5 / CCR5 was observed. With respect to the viral subtype, the highest prevalence was found for subtype B (Integrase) and Pol gene, followed by subtype F1 and recombinant forms of B / F (Integrase) and B / D (Pol). Only one case of primary resistance was detected (7.69%), however, in patients receiving therapy this number achieved 30,7%. Phylogenetic analysis showed that the Roraima's samples grouped into different clades with Uruguayan, Brazilian, Venezuelan and Guyanese samples, which probably reflects distinct events of viral entry. Around 25% of X4 samples were found, which affects the possibility of administering the fusion Maraviroc inhibitors for these patients. We believe that the data obtained in this study will contribute to a better understanding of the HIV / AIDS epidemiology of in the state of Roraima. Besides the scientific return, we believe that the results will indirectly contribute to improving patient care in this population / O estudo da diversidade genética e da presença de mutações de resistências aos antirretrovirais é de fundamental importância para a vigilância epidemiológica do HIV-1, pois pode fornecer informações sobre a biologia do vírus e orientar as políticas de prevenção e tratamento. De 2007 a 2012, dentre todos os estados da federação, Roraima figura entre os cinco primeiros estados com as maiores taxas de incidências, sendo que de 2008 a 2010 ocupou a segunda posição. Da mesma maneira, a capital Boa Vista de 2007 até 2011 também se posiciona entre as cinco capitais com maior taxa de incidência. Dados relacionados a genotipagem do HIV-1 circulante ou dados relacionados sobre mutações de resistência no estado são de fundamental importância para compreender a epidemia local. Nesse contexto, este trabalho identificou os subtipos do HIV-1 circulante, avaliou a resistência primária e secundária nos pacientes portadores de HIV e descreveu a frequência do polimorfismo rs333 no gene CCR5, em pacientes atendidos no Laboratório Central do Estado de Roraima/Laboratório de HIV. Para isso foram coletadas 121 amostras e as regiões do DNA proviral da RT/PR, Integrase e Envelope foram amplificadas e submetidas ao sequeciamento nucleotídico. O DNA genômico humano foi apenas amplificado e comparado por eletroforese. Os dados demográficos foram analisados por estatística descritiva, enquanto que os dados genéticos foram avaliados por diversas ferramentas de bioinformática para análise de resistência, genotigem, reconstrução filogenética e tropismo viral. Foi observada uma freqüência de 9,17% para o genótipo humano CCR5/CCR5Δ32 e 90,83% em relação ao CCR5/CCR5. Com relação ao subtipo viral, a maior prevalência encontrada foi para o subtipo B (Integrase) e gene Pol, seguido do subtipo F1 e de formas recombinantes B/F (Integrase) e B/D ( Pol). Somente um caso de resistência primária foi detectado (7,69%), no entanto em pacientes em tratamento esse número atingiu 30,7% . A análise filogenética mostrou que as amostras de Roraima se agrupam em diferentes clados com amostras brasileiras, venezuelanas, uruguaias e guianenses, o que provalvelmente reflete eventos distintos de introdução viral. Foram encontradas 25% de amostras com tropismo X4, o que afeta a possibilidade de administração do inibidor de fusão Maroviroque em parte dos pacientes avaliados. Acreditamos que os dados obtidos no presente estudo contribuirão para um melhor entendimento da epidemiologia do HIV/AIDS no estado de Roraima. Além do retorno científico, acreditamos que os resultados contribuirão indiretamente para a melhoria do atendimento desta população de pacientes.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:http://localhost:tede/4889 |
| Date | 23 September 2014 |
| Creators | Corado, André de Lima Guerra |
| Contributors | Naveca, Felipe Gomes |
| Publisher | Universidade Federal do Amazonas, Programa de Pós-graduação em Imunologia Básica e Aplicada, UFAM, Brasil, Faculdade de Medicina |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFAM, instname:Universidade Federal do Amazonas, instacron:UFAM |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 8851295382702565619, 600 |
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