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Previous issue date: 2013-03-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This dissertation presents the processing of seven image datasets and the determination and refinement of two protein structures of Sure (stationary phase survival protein E)from Xylella fastidiosa(XfSurE). The crystals were obtained by the research groupof Prof.Dr.RicardoApariciowith theprotein produced by the group of Profa. Dra.Anete Pereira de Souza, both from the State University of Campinas.Xylella fastidiosa strain 9a5c is aplague bacterium that causes a disease called Citrus Variegated Chlorosis (CVC) in orange grove; itwas the first bacterium to have its genome completely sequenced in Brazil. Studies show that this protein has several functions, amongst them, of a nucleotidase able to dephosphorylate various ribo anddeoxyribonucleic 5-monophosphates and ribonucleoside 3-monophosphatesto inorganic phosphate and nucleosides. Seven different sets of diffraction images were processed,four of them presented rings from ice diffraction. All structures have space group C2, but there are four different unit cells.Molecular replacement was performed with Phaser program and only two sets of images had their three-dimensional structures refined in an iterative process with the programs Coot and Phenix, which were subsequently largely validated. One of them shows a tetramer and the other a dimer in the asymmetric unit. During refinement, Mn+2, I- and PO43-ions were modeled. Comparisons between XfSurE and CbSurE (the correspondent protein fromCoxiella burnetti) indicate that XfSurE isin open conformation, unlike CbSurE. The protein shows the characteristic Rossmann fold-like, with the tetramerizationloop and C-terminal projection into the counter-monomer. / No presente trabalho realizaram-se o processamento de sete conjuntos de imagens e a determinação e refinamento de duas estruturas da proteína SurE (stationaryphasesurvivalprotein E) de Xylella fastidiosa (XfSurE). Os cristais foram obtidos pelo grupo de pesquisa do Prof. Dr. Ricardo Aparicio a partir da proteína produzida pelo grupo da Profa. Dra. Anete Pereira de Souza, ambos da Universidade Estadual de Campinas. XfSurElinhagem 9a5c é uma bactéria praga que causa uma enfermidade chamada Clorose Variegada dos Citros (CVC), grave em laranjeiras; foi à primeira bactéria que teve seu genoma completamente sequenciado no Brasil. Estudos revelam que essa proteína apresenta várias funções, dentre elas, de nucleotidase, capaz de desfosforilar vários ribo e desoxirribonucleicos 5-monofosfatados e ribonucleosídios 3-monofosfatos em fosfato inorgânico e nucloesídios.Dos sete conjuntos, quatro apresentaram anéis de difração por gelo no padrão de difração. Todas as estruturas apresentam grupo de espaço C2, mas há quatro celas unitárias diferentes A substituição molecular foi realizada com o programa Phaser e apenas dois conjuntos de imagens tiveram suas estruturas tridimensionais refinadas em um processo iterativo com os programas Coot e Phenix, queforam posteriormente amplamente validadas. Uma apresenta um tetrâmero e a outra um dímero na unidade assimétrica. Durante o refinamento, modelaram-seíons Mn2+, I- e PO43-. Comparações entre a XfSurE e CbSurE (a correspondente de Coxiella burnetti) indicamque XfSurE está em conformação aberta, ao contrário de CbSurE. A proteína apresenta o enovelamento característico deRossmann-fold-like, com as alças de tetramerização e com projeção de C-terminal no contra-monômero.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2.uepg.br:prefix/2106 |
| Date | 12 March 2013 |
| Creators | Machado, Agnes Thiane Pereira |
| Contributors | Iulek, Jorge, Aparício, Ricardo, Marques, Mariza Boscacci |
| Publisher | UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA, Programa de Pós-Graduação em Química Aplicada, UEPG, BR, Química |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEPG, instname:Universidade Estadual de Ponta Grossa, instacron:UEPG |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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