Material addicional: http://hdl.handle.net/10230/24645 / In this thesis we aimed to study evolutionary implications of low-complexity
regions, protein sequences of very simple amino acid composition. Its
uncontrolled expansion causes several human diseases, including Huntington’s
disease and other neurodegenerative and developmental diseases.
However, they are surprisingly abundant in proteins, which seem paradoxical
given their high pathogenic potential. Moreover, experimental data has
shown that the formation of novel LCRs, or the modification of existing ones,
can have functional consequences.
First we wanted to perform a descriptive analysis of low-complexity regions
in chordates focusing on lineage and age related features of LCR evolution.
Second, we want to assess why low-complexity regions are so common in
eukaryotic proteins. Two hypotheses have been proposed: on one hand, they
may be an important source of genetic variability and might be involved in
adaptive processes. To investigate whether LCRs are important players in
the acquisition of novel functions, we examined transcription factor gene
duplicates. On the other hand, low-complexity regions may also contribute
to the formation of novel coding sequences, facilitating the generation of
novel protein functions. We have tested this hypothesis by examining the
content of low-complexity sequences in proteins of different age. Both
analysis let us to conclude that low-complexity regions may be involved in
protein diversification, either providing new functional sequences that will
modify existing proteins or being involved in the formation of novel protein
coding sequences. / L'objectiu d'aquesta tesi és estudiar les implicacions evolutives de les regions
de baixa complexitat (LCRs, en anglès), seqüències de proteïnes amb una
composició d'aminoàcids molt simple. La seva expansió incontrolada
causa diverses malalties humanes, incloent la malaltia de Huntington i
altres malalties neurodegeneratives i del desenvolupament. No obstant
això, són sorprenentment abundants en les proteïnes, cosa que pot semblar
paradoxal, donat el seu potencial patogènic. A més, estudis experimentals
han demostrat que la formació de noves LCRs, o la modificació de les ja
existents, pot tenir conseqüències funcionals.
En primer lloc hem volgut fer una anàlisi descriptiva de les regions de
baixa complexitat en cordats, incidint en les característiques relacionades
amb el llinatge i l'edat de les LCRs des d'un punt de vista evolutiu. En
segon lloc, hem volgut avaluar per què les LCRs són tan freqüents en les
proteïnes d'eucariotes. S'han proposat dues hipòtesis: d'una banda, poden
ser una important font de variabilitat genètica i podrien estar implicades
en processos d'adaptació. Per tal d'investigar si les LCRs juguen un paper
important en L'adquisició de noves funcions, hem examinat factors de
transcripció que han patit una duplicació o. D'altra banda, les regions de
baixa complexitat també poden contribuir a la formació de noves seqüències
codificants, facilitant la generació de funcions noves de les proteïnes. Per
comprovar aquesta hipòtesi, hem examinat el contingut de les seqüències de
baixa complexitat en proteïnes d'edats diferents. Les dues anàlisis permeten
concloure que les regions de baixa complexitat poden estar involucrades en
la diversificació de les proteïnes, ja sigui proporcionant noves seqüències
funcionals que modifiquen les proteïnes existents o participant en la
formació de noves seqüències codificants de proteïnes.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:TDX_UPF/oai:www.tdx.cat:10803/113603 |
| Date | 03 May 2013 |
| Creators | Radó i Trilla, Núria, 1985- |
| Contributors | Albà Soler, Mar, Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
| Publisher | Universitat Pompeu Fabra |
| Source Sets | Universitat Pompeu Fabra |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Format | 129, application/pdf |
| Source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Rights | L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nd/3.0/es/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.2348 seconds