Selenoproteins are a diverse class of proteins containing selenocysteine, the 21st
aminoacid. Selenocysteine is inserted co-translationally, recoding very specific
UGA codons through a dedicated machinery. Standard gene prediction programs
consider UGA only as translational stop, and for this reason selenoprotein genes
are typically misannotated. In the past years, we developed computational tools
to predict selenoproteins at genomics scale. With these, we characterized the set
of selenoproteins across many sequenced genomes, and we inferred their phylogenetic
history. We dedicated particular attention to selenophosphate synthetase,
a selenoprotein family required for selenocysteine biosynthesis, that can be used
as marker of the selenocysteine coding trait. We show that selenoproteins went
through a very diverse evolution in different lineages. While very conserved in
vertebrates, selenoproteins were lost independently in many other organisms. Using
genome sequencing, we traced with precision the path of genomic events that
lead to recent selenoprotein extinctions in certain fruit flies. / Les selenoproteïnes s’agrupen en una classe heterogènia de proteïnes les quals
contenen selenocysteïna, l’aminoàcid 21. La selenocisteïna és insertada durant el
procés de traducció, recodificant codons UGA molt específics, mitjançant una maquinàiria dedicada. Els programes estàndard de predicció de gens interpreten el codó UGA només com a senyal d’stop de la traducció, i per aquesta raó els gens de
selenoproteïness solen estar mal anotats. En els darrers anys, hem desenvolupat eines
computacionals per a predir selenoproteïnes a escala genòmica. Amb aquestes,
hem caracteritzat el conjunt de selenoproteïnes en aquells genomes que han estat
seqüenciats, inferint la seva història filogenèitca. Hem dedicat especial ateníció a
la família selenophosphate synthetase, selenoproteïna necessària per a la síntesi de
selenocisteïna, i que per tant pot ser utilitzada com a marcador de codificació de selenocisteïna
Mostrem que les selenoproteïnes han patit una evolució molt diversa
en diferents llinatges. Tot i que es troben molt conservades en vertebrats, les selenoproteïnes
van ser perdudes de manera independent en molts altres organismes.
Gràcies a la sequenciació de genomes, vam traçar amb precisió els esdeveniment
que van portar a l’extinció de selenoproteïnes a diverses espècies de drosòfila.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:TDX_UPF/oai:www.tdx.cat:10803/295583 |
| Date | 13 December 2013 |
| Creators | Mariotti, Marco, 1984- |
| Contributors | Guigó Serra, Roderic, Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut |
| Publisher | Universitat Pompeu Fabra |
| Source Sets | Universitat Pompeu Fabra |
| Language | English |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| Format | 248 p., application/pdf |
| Source | TDX (Tesis Doctorals en Xarxa) |
| Rights | L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/es/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.002 seconds