Return to search

Variational Bayesian Inference for Reconciliation of Gene Trees and Species Trees

Gene tree-species tree reconciliation is the problem of mapping each node in a gene tree to a position in a species tree. Several methods have been used to address this problem. Variational inference is a method for finding the best approximation to the true distribution in a family of distributions. In this project, we investigated whether variational inference is a useful method to address the gene tree-species tree reconciliation problem. The distribution of trees is modeled by a so-called Subsplit Bayesian Network (SBN), and the evolution process is modeled by a birth-death process with constant duplication- and loss rate. We implemented the method in Python and compared it with A Variational Approach to Bayesian Phylogenetic Inference [1] (VBPI) [1] using synthetic data. The result showed that our method outperformed VBPI in most test cases. / Genträd-artträdsförsoning är problemet med att kartlägga varje nod i ett genträd till en position i ett artträd. Flera metoder har använts för att lösa detta problem. Variationsinferens är en metod för att hitta den bästa approximationen till den sanna fördelningen i en familj av sannolikhetsfördelningar. I det här projektet undersökte vi om variationsinferens är en användbar metod för att lösa Genträd-artträdsförsoningproblemet. Fördelningen av träd modelleras av ett så kallat subsplit Bayesian-nätverk (SBN), och evolutionsprocessen är modellerad av en födelse-dödsprocess med konstant duplicering- och förlusthastighet. Vi implementerade metoden i Python och jämförde den med VBPI [1] med syntetisk data. Resultatet visade att vår metod överträffade VBPI i de flesta testfallen.

Identiferoai:union.ndltd.org:UPSALLA1/oai:DiVA.org:kth-347936
Date January 2024
CreatorsLiu, Xindi
PublisherKTH, Skolan för elektroteknik och datavetenskap (EECS)
Source SetsDiVA Archive at Upsalla University
LanguageEnglish
Detected LanguageEnglish
TypeStudent thesis, info:eu-repo/semantics/bachelorThesis, text
Formatapplication/pdf
Rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
RelationTRITA-EECS-EX ; 2024:78

Page generated in 0.0023 seconds