[ES] Durante las últimas décadas, se han realizado importantes avances en el estudio de las causas genéticas de enfermedades raras y comunes, donde un gran número de variantes han sido identificadas y asociadas a múltiples enfermedades. Con las tecnologías de secuenciación de nueva generación, hoy en día somos capaces de investigar, con un alto rendimiento, la contribución de variantes de alta y baja frecuencia a distintos tipos de enfermedades, permitiéndonos así estudiar su importancia en el desarrollo de las mismas.
En ésta tesis se ha utilizado la secuenciación del exoma como tecnología para el estudio de variantes raras en una enfermedad compleja, la alergia gastrointestinal inducida por múltiples alimentos. Para ello, se realizó la secuenciación del exoma completo de una cohorte de 31 individuos (ocho afectados y 23 no afectados) provenientes de siete familias diferentes. Se desarrolló un flujo de trabajo para procesar los datos generados a partir de diferentes librerías e instrumentos de secuenciación, así como un control de calidad exhaustivo con el fin de maximizar el número de variantes de alta calidad. Diferentes tipos de mutaciones fueron investigadas, incluyendo polimorfismos de nucleótido único, inserciones/deleciones, variantes del número de copia y haplotipos HLA, y se realizaron diferentes métodos de filtrado para su interpretación.
Finalmente, se encontraron una serie de mutaciones que podrían estar asociadas con la enfermedad y se describe su posible papel en la patogénesis de las alergias gastrointestinales. Los resultados de esta tesis suponen importantes avances en el estudio de la compleja arquitectura genética de las alergias gastrointestinales y abren las puertas a futuras líneas de investigación, que serán necesarias para entender completamente las bases genéticas de esta enfermedad. / [CAT] Durant les últimes dècades, s'han realitzat importants avanços en l'estudi de les causes genètiques de malalties rares i comunes, on un gran nombre de variants han sigut identificades i associades a múltiples malalties. Amb les tecnologies de seqüenciació de nova generació, avui en dia som capaços d'investigar, amb un alt rendiment, la contribució de variants d'alta i baixa freqüència a diferents tipus de malalties, permetent-nos així estudiar la seva importància en el desenvolupament de les mateixes.
En aquesta tesis s'ha utilitzat la seqüenciació del exoma com a tecnologia per a l'estudi de variants rares en una malaltia complexa, l'al·lèrgia gastrointestinal induïda per múltiples aliments. Per això, es va realitzar la seqüenciació del exoma complet d'una cohort de 31 individus (vuit afectats i 23 no afectats) provinents de set famílies diferents. Es va desenvolupar un flux de treball per a processar les dades generades a partir de diferents llibreries e instruments de seqüenciació, així com un control de qualitat exhaustiu amb la fi de maximitzar el nombre de variants d'alta qualitat. Diferents tipus de mutacions foren investigades, incloïent polimorfismes de nucleòtid únic, insercions/delecions, variants del nombre de còpia i haplotips HLA, i es realitzaren diferent mètodes de filtrat per a la seva interpretació.
Finalment, es trobaren una sèrie de mutacions que podrien estar associades amb la malaltia i es descriu el seu possible paper en la patogènesis de les al·lèrgies gastrointestinals. Els resultats d'aquesta tesis suposen importants avanços en l'estudi de la complexa arquitectura genètica de les al·lèrgies gastrointestinals i obrin les portes a futures línies d'investigació, que seran necessàries per entendre completament les bases genètiques d'aquesta malaltia. / [EN] The study of genetics has been making significant progress towards understanding the causes of rare and common disease during the past decades. Across a wide range of disorders, there have been hundreds of associated loci identified and associated with multiple disorders. Now, with the advent of next-generation sequencing technologies, we are able to interrogate the contribution of high and low frequency variation to disease in a high throughput manner. This provides an opportunity to investigate the role of rare variation in complex disease risk, potentially offering insights into disease pathogenesis and biological mechanisms.
In this thesis, it has been assessed the use of whole-exome sequencing technology to investigate the role of rare variation in a complex disease, gastrointestinal food allergy induced by multiple food proteins. For that, a cohort of 31 individuals (eight affected and 23 non-affected) from seven different families was whole exome sequenced. Data obtained from multiple sequencing systems and libraries were analysed, and a workflow was developed, focusing on a comprehensive quality control to maximise the number of real positive calls. Different types of genome variations were investigated, including single nucleotide variants, insertions/deletions, copy number variants and HLA haplotypes. By approaching different methods of variant filtering, a set of rare variants that could be associated with the disease was identified. The possible role of these candidate variants in the pathogenesis of gastrointestinal food allergies was also discussed.
These results reveal important insights into the genetic architecture of gastrointestinal food allergies and lead to additional lines of investigation that will be required in order to fully understand the genetic basis of this disease. / Sanchis Juan, A. (2019). Exome Sequencing in Gastrointestinal Food Allergy Induced by Multiple Food Protein [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/134361 / TESIS
| Identifer | oai:union.ndltd.org:upv.es/oai:riunet.upv.es:10251/134361 |
| Date | 13 January 2020 |
| Creators | Sanchis Juan, Alba |
| Contributors | Chaves Martinez, Felipe Javier, Garcia Garcia, Ana Barbara, Marin Garcia, Pablo, Universitat Politècnica de València. Departamento de Biotecnología - Departament de Biotecnologia |
| Publisher | Universitat Politècnica de València |
| Source Sets | Universitat Politècnica de València |
| Language | English |
| Detected Language | Spanish |
| Type | info:eu-repo/semantics/doctoralThesis, info:eu-repo/semantics/acceptedVersion |
| Rights | http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
Page generated in 0.0102 seconds