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Previous issue date: 2016-11-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Ricinus communis, specifically fruit, castor bean, has gained industry, media and government attention due to the derivate properties such as ricin and castor oil. The total fatty acids xtracted from castor bean, 90% comprises ricinoleic acid. Beyond the castor oil, castor bean processing generate co-products: fruit peel and the castor cake. These co-products present significant amounts of fibers and proteins, in addition to a potential use as nematicide. Since world production of castor oil is 1.5 million tons per year and the proportion of co-product production with castor oil production is approximately 1:1, so, it’s essential to find an economically viable destination for these co-products. In addition to the destinations used, a route with high commercial value would be the use as animal feed, however, this does not occur due to the presence of ricin. Ricin its a ribosome inactivating protein present in the castor bean seed, that consists of two subunits, RTA and RTB, with the RTA being the catalytic subunit. In addition this problem, ricin is used as a biological weapon by terrorists and activists. The inhibition of mechanism of ricin action has biotechnological interest, where RTA is the target for inhibitors synthesis. In this context, the method used to search for new inhibitors its Molecular Docking. This method evaluates thousands of ligands in a short time, however, presents low accuracy in the prediction of binding affinity. In this perspective, SMD simulations can be used. This method is based on the correlation of the mean force profile needed to decouple the ligand from the protein with its affinity. The scientific literature has reported promising results with the approach to discern active binders from inactive. In the present study, beyond the validation data from known RTA inhibitors, the binding affinity potential of 6 novel structures to form complexes with RTA using SMD simulations was evaluated. It was necessary to use Molecular Docking and Molecular Dynamics aproaches to obtain and refine new RTA complexes with novel ligands and next submitted to SMD simulation (k = 2 kcal/mol/Ų, v = 0.005 nm/ps). In addition to the mean force profile obtained from multiple independent SMD simulations, the rupture force and the average of pulling work were measured, these being a direct relation with the binding affinity. In summary, the results of the validation of rupture force and average of pulling work with the
experimental data showed a correlation and determination coefficient with R = -0.992 and R²
= 0.984 (rupture force) and R -0.958 and R² = 0.918 (average of pulling work), respectively.
By means of these validations, the evaluation of novel structures using SMD simulations
showed that 4 of the 6 proposed structures present in silico, binding affinity potential for RTA. / A Ricinus communis, especificamente o seu fruto, a mamona, tem ganhado atenção da
indústria, mídia e governos, devido as propriedades de seus derivados, especialmente a ricina
e o óleo. Do total de ácidos graxos extraídos da mamona, 90% compreende ao ácido
ricinoleico. Além do óleo, os coprodutos gerados durante a produção tem ganhado bastante
atenção, sendo os mais importantes, a casca do fruto e a torta. Tais coprodutos apresentam
quantidades significativas de fibras e proteínas, além de um potencial uso como nematicida.
Uma vez que a produção mundial de óleo de mamona é de 1,5 milhão de toneladas-ano e a
proporção de produção de coprodutos com a produção de óleo é de aproximadamente 1:1, é
fundamental encontrar um destino economicamente viável para esses coprodutos. Além dos
destinos utilizados, uma rota com alto valor comercial seria o uso como ração animal,
entretanto, isto não ocorre devido a presença da ricina. Esta, corresponde a uma proteína
inativadora de ribossomos presente na semente da mamona, e é constituída por duas
subunidades, a RTA e RTB, sendo a RTA a subunidade catalítica. Além da problemática
supracitada, a ricina é utilizada como arma biológica por terroristas e ativistas, logo, a
inibição do mecanismo de ação desta proteína é de grande interesse biotecnológico, sendo a
RTA o alvo para síntese de inibidores. Neste aspecto, o método utilizado para busca de novos
inibidores é o Atracamento Molecular (Molecular Docking). Este método avalia milhares de
ligantes num curto intervalo de tempo, entretanto, apresenta baixa acurácia na predição da
afinidade de ligação. Nesta perspectiva, a Dinâmica Molecular Induzida (SMD), pode ser
utilizada. Este método baseia-se na correlação do perfil de força médio necessário para
desacoplar o ligante da proteína com a sua afinidade. A literatura científica tem relatado
resultados promissores no uso dessa abordagem para discernir ligantes ativos de inativos. No
presente estudo, além de validações com inibidores de RTA conhecidos, foi avaliado o
potencial de afinidade de 6 estruturas inéditas a formarem complexos com a RTA utilizando
simulações SMD. Para isso, foi necessário recorrer a abordagens de Atracamento Molecular e
Dinâmica Molecular para obtenção e refinamento de novos complexos da RTA com os
ligantes candidatos, para somente então, serem submetidos a simulação SMD (k = 2
kcal/mol/Ų, v = 0.005 nm/ps). Neste passo, além do perfil de força médio obtido a partir de
múltiplas simulações SMD independentes, foi mensurado a força de ruptura e o trabalho
médio realizado pela força, este último, apresenta uma relação direta com a afinidade de
ligação pela igualdade de Jarzynski. Em suma, resultados de validação da força de ruptura e
trabalho com os dados experimentais mostraram coeficiente de correlação e determinação
com R = -0.992 e R² = 0.984 (força de ruptura) e R -0.958 e R² = 0.918 (perfil médio do
trabalho), respectivamente. Por meio destas validações, a avaliação dos ligantes candidatos
utilizando simulações SMD mostrou que 4 das 6 estruturas propostas, apresentam in silico,
potencial de afinidade de ligação para com a RTA.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede.biblioteca.ufpb.br:tede/9691 |
| Date | 29 November 2016 |
| Creators | Chaves, Elton Jose Ferreira |
| Contributors | Araújo, Demetrius Antonio Machado de, Rocha, Gerd Bruno da |
| Publisher | Universidade Federal da Paraíba, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFPB, Brasil, Biotecnologia |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFPB, instname:Universidade Federal da Paraíba, instacron:UFPB |
| Rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/, info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 32215883775770440, 600, 600, 600, 600, 1239993683399922716, -3439178843068202161, 2075167498588264571 |
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