L'objectif de ce projet de maîtrise est de développer un nouvel algorithme permettant de retrouver les relations phylogénétiques entre un arbre de référence (par exemple, l'arbre de la distribution géographique des espèces ou des paramètres climatiques) et un arbre caractérisant un fragment de l'alignement de séquences multiples (ASM). Pour ce faire, nous récupérerons d'abord les différents fragments d'un ASM donné. Nous les soumettrons par la suite aux différents programmes du paquet PHYLIP (Seqboot, ProtDist ou DnaDist, Neighbor et Consense) et le programme PhyML afin d'obtenir un arbre consensus avec les valeurs de bootstrap sur ses branches. À partir de chaque arbre consensus, nous calculerons son bootstrap moyen. De plus, nous comparerons topologiquement l'arbre consensus obtenu à l'arbre de référence pour connaître la distance de Robinson et Foulds (RF) normalisée entre eux. Pour chaque fragment d'un ASM, nous conserverons uniquement les données relatives à des fragments correspondant à la distance RF normalisée la plus petite (i.e., celle qui représente la plus grande similitude entre les deux arbres). Dans le cas où plusieurs fragments correspondront à la même valeur de la distance RF normalisée, l'estimation se poursuivra sur l'arbre consensus ayant le score de bootstrap le plus élevé (i.e., meilleur support de l'arbre). Pour connaître la performance de notre algorithme, nous utiliserons un jeu de données de 52 espèces appartenant au groupe des Carnivores se localisant en Amérique du Nord. Nous récupérons aussi 21 protéines issues de la base de données GenBank. La construction des arbres de référence se fera à partir de données climatiques de l'habitat de ces espèces (i.e., température, précipitation et altitude). Notre algorithme permettra de trouver des sous-séquences des gènes donnant une similarité topologique accrue entre l'arbre de référence et l'arbre phylogénétique obtenu à partir des séquences.
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MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : arbre phylogénétique, phylogéographie, distance de Robinson et Foulds, bootstrap, alignement de séquences multiples, paquet PHYLIP, GenBank.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMUQ.5389 |
| Date | 12 1900 |
| Creators | Tahiri, Nadia |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Detected Language | French |
| Type | Mémoire accepté, NonPeerReviewed |
| Format | application/pdf |
| Relation | http://www.archipel.uqam.ca/5389/ |
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