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Previous issue date: 2008-05-30 / Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior / The main circulating HIV-1 subtype in South America is B, but C and F also are important and an increasing prevalence of subtype C in southern Brazil and its occurrence in other countries of Latin American has being described. The goal of this study was to analyze phylogenetically HIV-1C samples from South American countries to test the hypothesis that its entry in the region was a unique episode, and try to estimate its origin. We have analyzed 97 viral sequences spanning 975bp (protease and two-thirds of reverse transcriptase), from samples of geographic locations where the subtype C is epidemiologically important (South America, Asia and Africa). Phylogenetic analyses were conducted using ML and Bayesian inference methods using PAUP, PHYML and MrBayes. Samples from South America formed a monophyletic group when compared with the worldwide samples in all trees generated with different methodologies, with high bootstrap and posterior probability values. In all trees a sample from Kenya was the most closely related to that group. Bootscanning analyses of subtype C and C-containing recombinant sequences from Argentina and Uruguay showed that they are more similar to the Brazilian sequences. Our results indicate that the entry of HIV-1C in South America occurred in a single episode or in multiples episodes of genetically close viruses, possibly from a country of the Eastern Africa. HIV-1C spread out from Brazil to other South American countries. / O principal subtipo do HIV-1 na América do Sul é o B, mas o C e o F também são importantes. Tem sido relatados um aumento de prevalência do subtipo C no sul do Brasil e a sua ocorrência em outros países da América Latina. O objetivo desse trabalho foi analisar filogeneticamente amostras de HIV-1C para testar a hipótese de que a sua entrada na América do Sul foi um episódio único, e tentar estimar a sua origem. Analisamos 97 seqüências virais com 975pb (protease e dois terços da transcriptase reversa), de amostras de regiões geográficas onde o subtipo C é importante epidemiologicamente (América do Sul, Ásia e África). Análises filogenéticas foram realizadas com os métodos de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana usando PAUP, PHYML e MrBayes. Amostras da América do Sul formaram um grupo monofilético em todas as árvores geradas com diferentes metodologias, com altos valores de bootstrap e de probabilidade posterior. Em todas as árvores uma amostra do Quênia foi a mais proximamente relacionada a esse grupo. Análises de bootscanning de seqüências do subtipo C puras e recombinantes da Argentina e do Uruguai demonstraram que elas são similares às seqüências brasileiras. Nossos resultados indicam que a entrada do HIV-1C na América do Sul ocorreu em um único episódio ou em múltiplos episódios de vírus geneticamente próximos, possivelmente provenientes de países do Leste da África. O HIV-1C se espalhou do Brasil para os outros países da América do Sul
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede-server.lncc.br:tede/87 |
| Date | 30 May 2008 |
| Creators | Silva, Rachel Fontella da |
| Contributors | Soares, Marcelo Alves, Schrago, Carlos Eduardo Guerra, Garcia, Eduardo Lúcio Mendes, Thompson, Fabiano Lopes, Al-sanabani, Sabri Saed Mohamed Ahmed |
| Publisher | Laboratório Nacional de Computação Científica, Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional, LNCC, BR, Serviço de Análise e Apoio a Formação de Recursos Humanos |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações do LNCC, instname:Laboratório Nacional de Computação Científica, instacron:LNCC |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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