Afin de répondre aux besoins de plus en plus importants en puissance de calcul de la part des applicationsnumériques, les supercalculateurs ont dû évoluer et sont ainsi de plus en plus compliqués àprogrammer. Ainsi, en plus de l’apparition des systèmes à mémoire partagée, des architectures ditesNUMA (Non Uniform Memory Access) sont présentes au sein de ces machines, fournissant plusieursniveaux de parallélisme. Une autre contrainte, la diminution de la mémoire disponible par coeur decalcul, doit être soulignée. C’est ainsi que des modèles parallèles tels que MPI (Message Passing Interface)ne permettent plus aux codes scientifiques haute performance de passer à l’echelle et d’exploiterefficacement les machines de calcul, et doivent donc être combinés avec d’autres modèles plus adaptésaux architectures à mémoire partagée. OpenMP, en tant que modèle standardisé, est un choix privilégiépour être combiné avec MPI. Mais mélanger deux modèles avec des paradigmes différents est unet âche compliquée et peut engendrer des goulets d’étranglement qui doivent être identifiés. Cette thèsea pour objectif d’aborder ces limitations et met en avant plusieurs contributions couvrant divers aspects.Notre première contribution permet de r éduire le surcoût des supports exécutifs OpenMP en optimisantle travail d’activation et de synchronisation des threads OpenMP pour les codes MPI+OpenMP. Dansun second temps, nous nous focalisons sur les opérations collectives MPI. Notre contribution a pourbut d’optimiser l’opération MPI Allreduce en réutilisant des unités de calcul inoccupées, et faisant intervenirdes threads OpenMP. Nous introduisons également le concept de collectives unifiées, impliquantdes tâches MPI et des threads OpenMP dans une même opération. Enfin, nous nous intéressons àl’analyse de performance et plus précisément l’instrumentation des applications MPI+OpenMP, et notredernière contribution consiste en l’implémentation et l’ évaluation de l’outil OpenMP Tools API (OMPT)dans le support exécutif OpenMP du framework MPC. Cet outil nous permet d’instrumenter des constructionsOpenMP et de conduire une analyse axée aussi bien du côté des applications que dessupports d’exécution / To provide increasing computational power for numerical simulations, supercomputers evolved and arenow more and more complex to program. Indeed, after the appearance of shared memory systemsemerged architectures such as NUMA (Non Uniform Memory Access) systems, providing several levelsof parallelism. Another constraint, the decreasing amount of memory per compute core, has to bementioned. Therefore, parallel models such as Message Passing Interface (MPI) are no more sufficientto enable scalability of High Performance applications, and have to be coupled with another modeladapted to shared memory architectures. OpenMP, as a de facto standard, is a good candidate to bemixed with MPI. The principle is to use this model to augment legacy codes already parallelized withMPI. But hybridizing scientific codes is a complex task, bottlenecks exist and need to be identified. Thisthesis tackles these limitations and proposes different contributions following various aspects. Our firstcontribution reduces the overhead of the OpenMP layer by optimizing the creation and synchronizationof threads for MPI+OpenMP codes. On a second time, we target MPI collective operations. Our contributionconsists in proposing a technique to exploit idle cores in order to help the operation, with theexample of MPI Allreduce collective. We also introduce unified Collectives involving both MPI tasks andOpenMP threads. Finally, we focus on performance analysis of hybrid MPI+OpenMP codes, and ourlast contribution consists in the implementation of OpenMP Tools API (OMPT), an instrumentation tool,inside the OpenMP runtime of MPC framework. This tool allows us to instrument and profile OpenMPconstructs and allows the analysis of both runtime and application sides
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2015VERS039V |
| Date | 25 September 2015 |
| Creators | Maheo, Aurèle |
| Contributors | Versailles-St Quentin en Yvelines, Jalby, William |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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