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Previous issue date: 2015-12-18 / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado da Bahia - FAPEB / Cutaneous leishmaniasis affects 12 million people around the world. The main etiological agent in Brazil is Leishmania braziliensis. Its annotation is not very well characterized and have inaccurate regions because of the large number of hypothetical and putative genes. To solve this problem, we annotated the Leishmania braziliensis genome (MHOM / BR / 75 / M2904) with new algorithm and curated database by similarity. Initially, we downloaded these sequences of Leishmania braziliensis from NCBI and used GENSCAN and GLIMMER algorithms. We compared the predicted genes with SWISSPROT protein database. The comparison process was made by BLASTx and SWISS-PROT. We also used StructRNAFinder to predict the non-coding RNA, ncrna. We identified 25,539 ORF's, 4,916 genes, 735 ncRNA and 863 proteins. 94.75\% of predicted genes from Leishmania braziliensis were present on Leishmania panamensis genome (MHOM/PA/94/PSC-1). The comparison of ncrna number and proteins highlights a relation between chromosome and ncrna. All genes found were mapped and aligned to the Leishmania braziliensis genome and stored in a relational database model built in PHP 5.0 and MySQL. All data resulting of analyses in this work is available at www.leishdb.com. / A leishmaniose cut?nea afeta cerca 12 milh?es de pessoas ao redor do mundo. O principal agente etiol?gico dessa patologia no Brasil ? a Leishmania braziliensis. A anota??o dela n?o est? bem caracterizada e possui regi?es sem uma grande certeza devido ao grande n?mero de genes hipot?ticos e putativos. Para resolver esse problema,n?s reanotamos o genoma da Leishmania braziliensis (MHOM/BR/75/M2904) com novas vers?es de algoritmos e uma base de dados curada. Inicialmente, n?s baixamos e predizemos os genes com uma base de prote?nas. A compara??o foi feita porBLASTx e o banco de dados SWISS-PROT. Tamb?m utilizamos o preditor StructRNA Finder para predi??o de RNA?s n?o codificantes. Como resultado desse trabalho identificamos 25539 ORF?s, 4916 genes, 735 ncRNA e 863 prote?nas. Cerca de 94.75% genes preditos tamb?m estavam presentes em anota??o da Leishmania panamensis (MHOM/PA/94/PSC-1). Comparando o n?mero de rna n?o codificante e prote?nas foi evidenciado a presen?a de rela??es entre cromossomos e ncrna. Todos os genes encontrados foram mapeados no genoma da Leishmania braziliensis e armazenados em um modelo de banco de dados relacional constru?do em MySQL e PHP 5.0. Todos os dados resultantes desse trabalho est?o dispon?veis.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:tede2.uefs.br:8080:tede/309 |
| Date | 18 December 2015 |
| Creators | Torres, Felipe Guimar?es |
| Contributors | Queir?z, Artur Trancoso Lopo de, Coutinho, Vin?cius Maracaj? |
| Publisher | Universidade Estadual de Feira de Santana, Mestrado em Computa??o Aplicada, UEFS, Brasil, DEPARTAMENTO DE CI?NCIAS EXATAS |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UEFS, instname:Universidade Estadual de Feira de Santana, instacron:UEFS |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | 303317282311144204, 600, 600, 600, 600, -5486832816611506211, 3671711205811204509, -8233071094704392586 |
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