Tato diplomová práce se zabývá možností využití bezeztrátových kompresních algoritmů ke klasifikaci biologických sekvencí. Nejdříve je představena literární rešerše o bezeztrátových kompresních algoritmech, která byla využita k výběru slovníkového algoritmu vytvořeného A. Lempelem a J. Zivem v roce 1976 (LZ77). Tento algoritmus je běžně používán k datové kompresi a v předkládané práci byl modifikován tak, aby umožnil klasifikaci biologických sekvencí. K algoritmu byly navrženy další modifikace, které rozvíjí jeho klasifikační možnosti. V průběhu práce byla sestavena sada datasetů biologických sekvencí, která umožnila podrobné testování algoritmu. Algoritmus byl porovnán s klasickými zarovnávacími metodami: Jukes-Cantor, Tamura a Kimura. Bylo ukázáno, že algoritmus dosahuje srovnatelných výsledků v oblasti klasifikace biologických sekvencí a dokonce je u 20% datasetů překonává. Lepší výsledky dosahuje zejména u sekvencí, jež jsou si vzájemně vzdálené.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:nusl.cz/oai:invenio.nusl.cz:242184 |
| Date | January 2016 |
| Creators | Kruml, Ondřej |
| Contributors | Provazník, Ivo, Škutková, Helena |
| Publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií |
| Source Sets | Czech ETDs |
| Language | English |
| Detected Language | Unknown |
| Type | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Rights | info:eu-repo/semantics/restrictedAccess |
Page generated in 0.0054 seconds