SILVA, Samara Cardoso da. Estimativa de variabilidade genética de plantéis do camarão marinho Litopanaeus vannamei em laboratórios de maturação do Estado do Ceará, baseado em microssatélites e na região controle mitrocondrial. 2007. 71 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by Debora Oliveira (deby_borboletinha@hotmail.com) on 2012-01-26T12:47:30Z
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Previous issue date: 2007 / Shrimp is the most important commodity, by value, in the international seafood trade, while new techniques and technologies are needed to keep the shrimp farming and industry growing exponentially and with sustainability in Brazil. Shrimp farmers and aquaculture scientists will demand knowledge
gathered from genetic improvement programs through husbandry and/or disease management to reduce the loss of genetic diversity in successive generations. A currently popular type of molecular marker aproach to evaluate
genetic variability (both in wild and farmed populations) is microsatellites. They
can be assayed more rapidly than other types of molecular markers and their
high allelic nature (high polymorphism and co-dominance) means that they
confer more information per unit assay than any other marker systems, thus
reducing costs. Another type of marker is the sequence analysis of hypervariable segments within the mitochondrial DNA (mtDNA) control region, a set of non-coding A+T rich genes that are useful to evaluate genetic intraspecies variation. In this study, microsatellite loci and the mtDNA control region of Litopenaeus vannamei were used to estimate the genetic variability of
commercial broodstocks. Expected results might help in developing strategies
to fully explore the available germplasm. Broodstocks from two laboratories
located in the State of Ceará were investigated using 10 microsatellite DNA loci. The genetic diversity between laboratories was indicated by the number of
alleles per locus, together with the observed heterozygosity (ranging from 3,0 to
10,5 and from 0,46 - 0,84, respectively). Deviations from the Hardy-Weinberg
equilibrium were found at most loci in both laboratories. Inbreeding levels have
shown positive Fis values, exception made to the locus 1003 that had negative
values for both laboratories. Fst values were not significantly different between
the two laboratories. Analyses of multiple sequence alignment of the mtDNA
control region showed high homology. Using Kimura’s two-parameter (K2P) model, a dendrogram was generated with our sequences (those obtained in this study) and wild populations’ sequences available at GenBank®/NCBI. The resulting dendrogram confirmed a good variability index in the mtDNA control region, without evidences of population differentiation among them. Accordingly, analyses of our data do indicate that cultured shrimp populations in Ceará still keep some level of genetic variability, with studied broodstocks seeming to have accumulated genetic differences. / Visando não só o progresso da carcinicultura como também a sua sustentabilidade, novas técnicas e tecnologias vêm sendo buscadas. Dentre elas, destaca-se o desenvolvimento de programas de melhoramento genético,
os quais visam à construção de linhagens de altas performances. Atualmente,
a classe de marcadores moleculares mais amplamente utilizados para avaliar e
monitorar a variabilidade genética, tanto em populações naturais como em
espécies domesticadas, são os microssatélites, devido ao seu alto polimorfismo e co-dominância. Outra classe de marcadores utilizada é o conjunto de genes
do DNA mitocondrial, no qual a região controle, rica em A+T e não codificadora
demonstrou ser a mais útil para avaliação de variação genética intraespecífica,
quando comparada com outros genes mitocondriais. No presente estudo, locos
de microssatélites e a região controle mitocondrial de Litopenaeus vannamei
foram utilizados com o objetivo de estimar a variabilidade intraespecífica e
avaliar o potencial destas regiões do genoma em subsidiar a elaboração de
estratégias que permitam explorar o potencial representado pelo germoplasma
disponível. A variabilidade de reprodutores de laboratórios de maturação de
duas fazendas do Estado do Ceará foi analisada através da utilização de 10
loci de microssatélites. A diversidade genética entre os laboratórios foi
estimada pelo número de alelos por loci e heterozigosidade observada que
variaram de 3,0 a 10,5 e de 0,46 a 0,84 respectivamente. Desvios do Equilíbrio
de Hardy-Weinberg foram detectados para a maioria dos loci estudados dos
dois laboratórios. Os níveis de endocruzamento foram analisados pelos valores
positivos de Fis com exceção do loci 1003 que apresentou valores negativos
para os dois laboratórios. Valores de Fst não demonstraram diferenciação
significante entre os dois laboratórios. Na análise da região controle mitocondrial o alinhamento das seqüências obtidas apresentou alta homologia entre si. Um dendrograma construído a partir da matriz Kimura 2P entre as seqüências deste estudo e seqüências de populações naturais disponíveis no GenBank®/NCBI demonstrou um bom nível de variabilidade da região controle
mitocondrial, não havendo nenhum tipo de diferenciação populacional entre
estas. Com os resultados obtidos neste estudo percebe-se que as populações
de camarão marinho cultivados no Ceará ainda guardam grande variabilidade genética e os plantéis estudados já acumulam diferenças genéticas, ainda que em pequeno nível.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.repositorio.ufc.br:riufc/1624 |
| Date | January 2007 |
| Creators | Silva, Samara Cardoso da |
| Contributors | Maggioni, Rodrigo |
| Publisher | http://www.teses.ufc.br/ |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFC, instname:Universidade Federal do Ceará, instacron:UFC |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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