Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Resumo: Na análise de dados metagenômicos temos duas perguntas básicas que podemos fazer: “Quem são?” e “O que estão fazendo?” os microorganismos de uma determinada amostra. Para responder a primeira pergunta utiliza-se a análise taxonômica de microorganismos. Existem diversos software que utilizam diferentes metodologias para atingir essa finalidade. Esses métodos são divididos em duas categorias principais: composicional e alinhamento por similaridade. O que diferencia os métodos são principalmente o tempo para ser realizada a análise, poder computacional e eficiência na identificação dos reads. Nesse trabalho propomos um novo método por composição que utiliza cinco assinaturas genômicas e suas combinações para identificação dos reads: concentração de GC (Guanina/Citocina), entropia de dipletes, entropia de tripletes, entropia de tetrapletes e abundância total de dinucleotı́deos. Utilizamos um conjunto de dados referente a 3055 genomas completos de bactérias provenientes do NCBI (National Center for Biotechnology Information)que foram fragmentados em dois grupos: teste e controle. Os grupos foram fragmentados em tamanhos de 50-1000pb com partições de tamanho 50pb, buscando se aproximar dos tamanhos de reads normalmente gerados pelos equipamentos de sequenciamento de nova geração. O desempenho da metologia foi avaliado por medidas de sensibilidade, especificidade, precisão e média harmônica em comparação aos resultados do grupo teste com o grupo controle. Dentre as combinações anal... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre
| Identifer | oai:union.ndltd.org:UNESP/oai:www.athena.biblioteca.unesp.br:UEP01-000884304 |
| Date | January 2017 |
| Creators | Pilan, José Rafael |
| Contributors | Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu). |
| Publisher | Botucatu, |
| Source Sets | Universidade Estadual Paulista |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | computer file |
| Relation | Sistema requerido: Adobe Acrobat Reader |
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