Les membres des familles Mimiviridae et Marseilleviridae, qui infectent et se répliquent dans Acanthamoeba spp. et d’autres protistes phagocytaires, ont été découverts au cours de la dernière décennie et rattachés à un groupe monophylétique de virus nommés les grands virus à ADN nucléocytoplasmiques (NCLDVs), qui infectent un large éventail d’eukaryotes y compris différents organismes unicellulaires. Récemment, il a été proposé de reclasser les NCLDVs dans un nouvel ordre viral nommé les Megavirales. Plusieurs dizaines de virus géants des amibes ont été isolés, mais le génome de peu d’entre eux a été étudié de façon approfondie. Nous avons étudié les génomes de ces virus géants d'amibe afin d’acquérir une meilleure compréhension de leur répertoire de gènes et leur importance évolutionnaire. L'analyse phylogénétique des virus géants d'amibe distingue clairement trois lignées, nommées A, B et C. Nous avons étudié en détail le génome de Acanthamoeba polyphaga moumouvirus, le membre fondateur de la lignée B et avons déchiffré son contenu en gènes et sa relation évolutive avec d'autres organismes. Nous avons également étudié les génomes de Terra1 virus et Terra2 virus, qui appartiennent respectivement aux lignées C et A, et ont été isolés à partir d'échantillons de sol alors que les mimivirus décrits aupravant ont été isolés à partir d'eau douce ou de mer. En outre, nous avons décrit le génome du virus Courdo11, qui appartient à la lignée C, et est étroitement lié au premier Mimivirus isolé d'un humain, qui présentait une pneumonie inexpliquée. / The members of families Mimiviridae and Marseilleviridae, which infect and replicate in Acanthamoeba spp. and other phagocytic protists, were discovered during the past decade and linked to a monophyletic group of viruses named the Nucleocytoplasmic Large DNA viruses (NCLDVs), which infect a broad variety of eukaryotes including diverse unicellular organisms. Recently, it has been proposed to reclassify the NCLDVs into a new viral order named the Megavirales. Several dozens of giant viruses of amoeba have been isolated but the genome of very few has been extensively studied. We studied the genomes of these giant viruses of amoeba to gain a better understanding of their gene repertoire and evolutionary importance. The phylogenetic analysis of giant viruses of amoeba clearly distinguished three lineages, named lineages A, B and C. We studied in detail the genome of Acanthamoeba polyphaga moumouvirus, the leader member of lineage B to decipher its gene content and its evolutionary relationship with other organisms. We further studied the genomes of Terra1 virus and Terra2 virus, which belong to lineages C and A, respectively, and were isolated from soil samples whereas previously described mimiviruses of amoeba were isolated from fresh or marine water. Furthermore, we described the genome of Courdo11 virus, which belongs to lineage C, and is closely related to the first mimivirus isolated from a human, who exhibited unexplained pneumonia.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2013AIXM5072 |
| Date | 10 December 2013 |
| Creators | Yoosuf, Niyaz |
| Contributors | Aix-Marseille, Colson, Philippe |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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