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Tamiris Tatiane Dias Analise de quasespecies...2013.pdf: 8521760 bytes, checksum: 4e4fc2d3b2f4ee514d97744b378b3fe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-18T17:18:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A transmissão materno-infantil (TMI) é a causa mais comum de infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) entre as crianças. Objetivo: Esse estudo teve como objetivo avaliar fatores virais implicados na TMI do HCV. Materiais e métodos: Quatro gestantes e um par mãe-recém-nascido (RN), todos infectados pelo HCV, foram incluídos neste estudo. Sequências das regiões 5’UTR, E1, HVR1, E2 e NS5B foram obtidas através de sequenciamento direto do produto do PCR e clonagem. A diversidade quasiespécie foi analisada utilizando-se diferentes parâmetros (taxa de clonotipos, frequência de mutações, Pn e entropia de Shannon normalizada), comparando (1) grupos TMI+ e TMI-, e (2) par mãe-RN. Um framework foi usado para avaliar a associação entre a frequência dos nucleotídeos e a TMI. Resultados: Dois casos de TMI foram identificados, mas apenas a amostra de um RN estava disponível. As cargas virais de todos os sujeitos estavam acima do limite de quantificação. Ambos os casos de TMI pertenciam ao genótipo 1a apenas este subtipo foi analisado subsequentemente. O sequenciamento direto dos produtos de PCR não representou, de maneira confiável, a complexidade quasiespécie e não foi utilizado. Não houve clonotipos coincidentes entre os grupos TMI+ e TMI-, exceto pela região 5’UTR. Em nível de aminoácido, mãe e RN compartilharam apenas do clonotipo predominante. Todos os clonotipos minoritários foram exclusivos. Foi observada maior diversidade quasiespécie nas regiões E2 e NS5B. A HVR1 apresentou a menor diversidade dentro da região codificante. A diversidade quasiespécie do grupo TMI+ foi sempre maior do que aquela vista no grupo TMI-; no entanto, não houve significância estatística. Trinta e cinco mutações na região codificante foram associadas significativamente com a TMI. Dados do par mãe-RN sugerem que a transmissão intrauterina ocorreu em um momento inicial da gestação e que o vírus provavelmente atravessou o tecido placentário, levando a um gargalo de garrafa. Conclusões: A diversidade quasiespécie não foi associada à TMI, mas a presença de mutações ao longo da região codificante sugere que o genoma completo contribui para a capacidade de transmissão intrauterina. São necessários estudos adicionais para determinar se essas variantes podem ser úteis para predizer a TMI. / Introduction: Mother-to-child-transmission (MTCT) is the most common cause of
hepatitis C virus (HCV) infection in children. Objective: This study aimed to evaluate
viral factors implicated in HCV MTCT. Methods: Four HCV-infected pregnant women
and one HCV-infected mother-newborn pair were included in this study. Sequences
were obtained from the regions 5’UTR, E1, HVR1, E2 and NS5B by direct PCR
product sequencing and cloning. Quasispecies diversity was analyzed by different
parameters (clonotype ratio, mutation frequency, Pn and normalized Shannon
entropy), comparing (1) MTCT+ vs. MTCT- groups, and (2) mother-newborn pair. A
framework was used to establish association between nucleotide frequency and
MTCT. Results: Two cases of MTCT were identified, but a sample from only one
newborn was available. Viral loads from all subjects were above the quantification
limit. Both cases of MTCT belonged to genotype 1a and only this subtype was further
analyzed. Direct sequencing from PCR products did not reliably represent the
quasispecies complexity and was not used. There were no coincident clonotypes
between MTCT+ and MTCT- groups, except for 5’UTR. At the amino acid level,
mother and newborn shared only the master clonotype. All minor clonotypes were
exclusive. Higher quasispecies diversity was observed within E2 and NS5B regions.
HVR1 presented the lowest diversity within the coding region. Quasispecies diversity
from the MTCT+ group was always greater than seen in the MTCT- group; however,
no statistically significance was observed. Thirty-five mutations in the coding regions
were significantly associated with MTCT. Data from the mother-newborn pair suggest
that the intrauterine transmission occurred in an earlier time point of the pregnancy
and that the virus probably crossed the placental tissue leading to a bottleneck.
Conclusions: Quasispecies diversity was not associated with MTCT but the
presence of mutations along the coding region suggests that the whole genome
contributes to the ability of intrauterine transmission. Further studies are required to
establish if these variants could be useful to predict MTCT.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:www.arca.fiocruz.br:icict/7179 |
| Date | January 2013 |
| Creators | Dias, Tamiris Tatiane |
| Contributors | Lyra, André Castro, Vallve, Maria de Lourdes Farre, Alcantara, Luiz Carlos Júnior, Silva, Luciano Kalabric |
| Publisher | Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, instname:Fundação Oswaldo Cruz, instacron:FIOCRUZ |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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