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Previous issue date: 2012-02-27 / Leptospirosis is a neglected zoonosis with global distribution. The disease is caused by pathogenic bacteria of the genus Leptospira, which affect humans and various domestic and wild animals, causing serious problems to human health and damage
to livestock. The objective of this study was to determine the genome sequence of Leptospira borgpetersenii serogroup Ballum strain 4E, isolated from domestic mice (Mus musculus), one of the main reservoirs of this genus. The complete genome
sequence was determined using SOLiDTM system, which generated over 85 million 50 bp reads. These reads were used to obtain scaffolds of the two chromosomes present in this organism through the ab initio sequence assembly with Velvet and Edena softwares and orientation of contigs with G4All software. With completion of the assembly process, the large chromosome was 3,071,053 bp, GC content of 40.58%, 36 tRNA, 4 rRNA and 2,908 open reading frames (ORF). The small
chromosome has 305,940 bp, GC content of 40.25%, 277 ORFs, no tRNA or rRNA. A reduction in the large chromosome of 4E strain was observed compared to the large chromosome of L550 strain, where 99 genes of L550 strain are not present in the 4E strain and about 394 kb of non-coding region was also lost. The main hypothesis for this reduction is the effect of the presence of a large number of mobile genetic elements. Genome reduction has been observed in other strains of L.
borgpetersenii. The Applied Biosystems SOLiD 4 method allowed determination of the genome sequence of L. borgpetersenii strain 4E, with wide coverage and accuracy. The ab initio assembly methods used allowed for complete utilization of the sequences generated. / A leptospirose é uma zoonose negligenciada com distribuição global. A doença é causada por bactérias patogênicas do gênero Leptospira, as quais acometem humanos e vários animais domésticos e silvestres, acarretando graves problemas à saúde humana e prejuízos na pecuária. O presente trabalho teve como objetivo sequenciar o genoma da Leptospira borgpetersenii sorogroupo Ballum cepa 4E, isolada de camundongo doméstico (Mus musculus), um dos principais reservatórios deste gênero. A sequência completa do genoma foi determinada através do sistema SOLiDTM, onde foram obtidas mais de 85 milhões de leituras com tamanho de 50 pb
cada. Essas leituras foram utilizadas para obtenção de scaffolds dos dois cromossomos presente neste organismo, através de montagem ab initio com os softwares Velvet e Edena; e posterior orientação das contigs com o software G4All. Com a conclusão da montagem, o cromossomo maior apresentou o tamanho de 3.071.053 pb, 40,58% de conteúdo GC, 36 tRNA, 4 rRNA e 2.908 fases de leitura abertas (ORF). Para o cromossomo menor o total de bases foi de 305.940 pb,
conteúdo GC de 40,25%, 277 ORFs, nenhum tRNA e rRNA foram preditos. Foi observada uma redução do cromossomo maior da cepa 4E em ralação ao cromossomo maior da cepa L550, onde 99 genes da cepa L550 não estão presentes
na cepa 4E e cerca de 394 kb de região não codificante também foi perdida. A principal hipótese para a redução é o efeito da presença de um grande número de elementos móveis, processo observado no genoma de outras cepas da espécie L.
borgpetersenii. O método Applied Biosystems SOLiD 4 permitiu a determinação da sequência do genoma de L. borgpetersenii cepa 4E, com ampla cobertura e acurácia. Os metodos de montagem ab initio utilizados proporcionaram aproveitar ao máximo as sequencias geradas.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufpel.edu.br:123456789/1201 |
| Date | 27 February 2012 |
| Creators | Eslabão, Marcus Redu |
| Contributors | CPF:42251850015, http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4723107D9, Dellagostin, Odir Antônio |
| Publisher | Universidade Federal de Pelotas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, UFPel, BR, Biotecnologia |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFPEL, instname:Universidade Federal de Pelotas, instacron:UFPEL |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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