Hlavním cílem této diplomové práce je analýza diferenciální exprese genů na základě negativního binomického modelu. Úvodní část je věnována teoretickému základu, pojednává o sekvenování RNA, sekvenování nové generace, výhodách a možném využití, formátu fastQ aj. Následující část už se zabývá samotnou praktickou částí, zde byl vybrán vhodný set genů, které budou později analyzovány a příslušná data byla stažena. Tato data byla zarovnána k lidskému genomu verze 37 Burrowsovou-Wheelerovou transformací s využitím bowtie mapovače, byly tak vytvořeny soubory ve formátu SAM. Toto soubory dat byly později setříděny pomocí nástroje SAMtools. Následně byly v programovém prostředí Matlab (verze R2013b) vytvořeny anotované objekty genů s využitím služby Ensembl´s BioMart. Dále byla určena genová exprese a byly odhadnuty faktory velikosti knihovny. Na závěr byly odhadnuty parametry negativního binomického rozložení a byla vyhodnocena diferenciální exprese genů.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:nusl.cz/oai:invenio.nusl.cz:220861 |
| Date | January 2014 |
| Creators | Janáková, Tereza |
| Contributors | Tkacz, Ewaryst, Abo Khayal, Layal |
| Publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií |
| Source Sets | Czech ETDs |
| Language | English |
| Detected Language | Unknown |
| Type | info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Rights | info:eu-repo/semantics/restrictedAccess |
Page generated in 0.0019 seconds