La production porcine occupe une place importante dans l'industrie agroalimentaire vue l'appréciation de la viande porcine par le consommateur. Ainsi, l'étude de l'écologie microbienne de la chaîne de valeur du porc est importante pour développer de nouvelles stratégies visant à améliorer la qualité microbiologique des produits. L'objectif de cette étude consistait à caractériser le microbiote porcin sur l'ensemble de la chaine de valeur lorsque les animaux sont nourris avec ou sans un probiotique commercial (BioPlus 2B, Chr Hansen, Hoersholm, Denmmark ; *Bacillus licheniformis* et *subtilis*) pendant toute la période d'engraissement. Pour se faire, deux cohortes de porcs consécutives et constituées de 1000 animaux par groupes expérimentaux, avec et sans supplémentation de probiotique, pour un total de 4000 animaux ont été suivies dans des conditions commerciales pendant toute la période d'engraissement. Des analyses métataxonomiques par séquençage d'amplicons du gène de l'ADNr 16S ont été effectuées sur les échantillons prélevés en ferme (salive, fèces, air, moulée et eau), en usine (convoyeurs, drains et dalot), sur les carcasses, ainsi que sur des longes gauches emballées sous vide et réfrigérées (0, 27, 48, 62 et 76 jours). L'ajout du probiotique a eu un effet significatif sur les niveaux de *Bacillus* présents dans la moulée du groupe traitement confirmant leur présence accrue comparativement au groupe témoin (*p*<0,05). Le séquençage de l'amplicon du gène ribosomal 16S a permis de caractériser le microbiote à la ferme et de démontrer que *Firmicutes*, *Bacteroidota*, *Proteobacteria* et *Actinobacteriota* sont les phylums dominants. L'analyse LEfSe a révélé que *Clostridium sensu stricto 1* et *Prevotella* constituent des biomarqueurs à la ferme associés au groupe traitement. Les indices de diversité alpha étaient significativement plus élevés dans les échantillons de fèces et de salive du groupe supplémenté en probiotique (*p* < 0.01). Cette diversité accrue est plus marquée dans les prélèvements issus de la deuxième cohorte. De plus, l'analyse avec le logiciel SourceTracker a permis d'inférer que le microbiome de la ferme représente 3,9 % de l'origine écologique des variants de séquence d'amplicons présents sur les longes. À l'abattoir, les analyses métataxonomiques ont révélé des niveaux d'abondance relative faibles pour les *Enterobacteriaceae* et ce pour les deux groupes expérimentaux. L'analyse métataxonomique a montré également une prévalence plus élevée de bactéries lactiques par rapport aux *Enterobacteriaceae* sur les longes de porc. Notamment, *Carnobacterium* a été identifié comme le genre prédominant dans les deux groupes expérimentaux, en particulier pour la deuxième cohorte, représentant 99,5 % de la population microbienne. Ces résultats ont contribué à une meilleure compréhension du microbiote tout au long de la chaîne de production porcine à la suite de l'utilisation de probiotiques. L'effet du probiotique sur le microbiote de la chaîne de valeur porcine nécessitera une étude à plus grande échelle afin de mieux comprendre ses mécanismes d'actions sur l'hôte. / Pig production occupies an important place in the agri-food industry, given the consumer's appreciation of pork meat. The study of the microbial ecology throughout the pork value chain is important for developing new strategies to enhance the microbiological quality of products. The objective of this study was to characterize the porcine microbiota throughout the value chain when animals are fed with or without a commercial probiotic (BioPlus 2B, Chr Hansen, Hoersholm, Denmark; *Bacillus licheniformis* and *subtilis*) during the entire fattening period. To achieve this, two consecutive cohorts of pigs, each consisting of 1000 animals per experimental group, with and without probiotic supplementation, for a total of 4000 animals, were followed under commercial conditions throughout the fattening period. Metataxonomic analyses by sequencing of the 16S rDNA gene amplicons were performed on samples collected on the farm (saliva, feces, air, feed, and water), in the slaughterhouse (conveyors, drains, and drains), on carcasses, as well as on vacuum-packed and refrigerated loins (0, 27, 48, 62, and 76 days). The addition of the probiotic had a significant effect on the levels of *Bacillus* present in the feed of the treatment group, confirming their increased presence compared to the control group (*p* <0.05). The 16S rDNA gene amplicon sequencing allowed the characterization of the microbiota on the farm and showed that *Firmicutes*, *Bacteroidota*, *Proteobacteria*, and *Actinobacteriota* were the dominant phyla. LEfSe analysis revealed *Clostridium sensu stricto 1* and *Prevotella* as farm biomarkers associated with the treatment group. Alpha diversity indices were significantly higher in fecal and saliva samples from the probiotic-supplemented group (*p* < 0.01). This diversity was more pronounced during the second cohort. Furthermore, the SourceTracker software analysis inferred that the farm microbiome represented only 3.9% of the ecological origin of the amplicon sequence variants present on the loins. At the slaughterhouse, metataxonomic analyses revealed low relative abundance levels of *Enterobacteriaceae* for both experimental groups. Metataxonomic analysis showed a higher prevalence of lactic acid bacteria compared to *Enterobacteriaceae* on pork loins. Specifically, *Carnobacterium* identified as the predominant genus in both experimental groups, especially in the second cohort, representing 99.5% of the microbial population. These results have contributed to a better understanding of the microbiota throughout the pig production chain following the use of probiotics. The effect of probiotics on the porcine value chain microbiota requires further large-scale study to better understand the mechanism of action on the host.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LAVAL/oai:corpus.ulaval.ca:20.500.11794/150803 |
| Date | 23 September 2024 |
| Creators | Touahri, Amal |
| Contributors | Saucier, Linda, Vincent, Antony |
| Source Sets | Université Laval |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | COAR1_1::Texte::Thèse::Mémoire de maîtrise |
| Format | 1 ressource en ligne (xxi, 134 pages), application/pdf |
| Rights | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
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