Les bactéries utilisent un mode de communication appelé quorum sensing pour régulerl'expression des gènes en fonction de la densité de population et contrôler ainsi de façonmulticellulaire des processus tels que la sporulation, la compétence ou la virulence. Chez les bactériesà Gram-positif, le quorum sensing repose principalement sur la production, la sécrétion et la détectionde petits peptides de signalisation.Le projet porte sur l'étude du système quorum sensing: NprR/NprX chez Bacillus cereus, oùNprR est l'effecteur qui reconnait spécifiquement le peptide de signalisation NprX. NprR est uneprotéine bi-fonctionnelle. Seule, elle agit en tant qu'inhibiteur de la sporulation, en complexe avecNprX, elle perd sa fonction initiale au profit d'une activité facteur de transcription impliquée dans lavirulence. NprR appartient à une famille d'effecteurs de quorum sensing appelée RNPP (Rap, NprR,PlcR et PrgX) encore mal caractérisée au niveau structural. Mon projet de thèse a consisté en l'analysestructure-fonction du système NprR/NprX.Pour comprendre la régulation fonctionnelle de NprR par NprX, des études en solution (SECMALSet DLS) ont permis de mettre en évidence un switch moléculaire qui repose sur un changementd'oligomérisation. Ainsi NprX fait basculer NprR d'une conformation Apo dimérique à uneconformation compléxée tétramérique.L'étude structurale par cristallographie a aboutit à la résolution de la structure du complexeNprR/NprX. L'analyse de ce tétramère suggère la reconnaissance de 2 sites distincts sur l'ADN.L'étude structurale par SAXS, a quant à elle, permis de proposer une conformation dimérique de laforme Apo NprR, modèle conforté grâce à une étude par mutagénèse dirigée des résidus d'interface. Ils'agit d'un mode de dimérisation semblable à celui des protéines Rap (membres de la famille RNPP).La caractérisation par ITC de l'interaction NprR/NprX avec différentes formes du peptide,ainsi que l'analyse de la poche de fixation du complexe, ont permis de mieux comprendre la spécificitéd'interaction et de mettre en évidence deux résidus clés de l'effecteur : l'Asn275 essentielle à lafixation du peptide et l'Arg 126 essentielle à l'activation de la fonction facteur de transcription.Ces travaux ont contribué à une meilleure compréhension du système quorum sensingNprR/NprX grâce à l'élucidation du switch moléculaire contrôlé par NprX mais aussi à une meilleureconnaissance de la famille d'effecteurs RNPP.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:CCSD/oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-01070632 |
| Date | 14 September 2012 |
| Creators | Zouhir, Samira |
| Publisher | Université Paris Sud - Paris XI |
| Source Sets | CCSD theses-EN-ligne, France |
| Language | fra |
| Detected Language | French |
| Type | PhD thesis |
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