L'étude des grands modèles de réseaux biologiques par l'utilisation d'outils d'analyse et de simulation conduit à un grand nombre de prédictions. Cela soulève la question de savoir comment identifier les prédictions intéressantes de nouveaux phénomènes, qui peuvent être confrontés à des données expérimentales. Les techniques de vérification formelle basées sur le model checking constituent une technologie puissante pour faire face à cette augmentation d'échelle et de complexité pour l'analyse de ces réseaux. L'application de ces techniques est par contre difficile, pour plusieurs raisons. Premièrement, le domaine de la biologie des systèmes a mis en évidence quelques propriétés dynamiques du réseau, comme la multi-stabilité et les oscillations, qui ne sont pas facilement exprimables avec les logiques temporelles classiques. Deuxièmement, la difficulté de poser des questions pertinentes et intéressantes en logique temporelle est difficile pour les utilisateurs non-experts. Enfin, la plupart des modèles existants et des outils de simulation ne sont pas capables d'appliquer des techniques de model checking d'une manière transparente. La mise en œuvre des approches développées dans ce travail contribue à enlever des obstacles pour l'utilisation de la technologie de vérification formelle en biologie. Leur application a été validée sur l'analyse et la simulation de deux modèles biologiques complexes.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:CCSD/oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-00833766 |
| Date | 17 May 2010 |
| Creators | Gonçalves Monteiro, Pedro Tiago |
| Publisher | Université Claude Bernard - Lyon I |
| Source Sets | CCSD theses-EN-ligne, France |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | PhD thesis |
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