A visao sobre o dogma central da biologia molecular passou por aperfeicoamentos na virada deste seculo. Muito se deve ao interesse por pesquisas feitas para compreensao do que ate entao eram regioes do genoma conhecidas como DNA Lixo. Neste contexto, projetos de transcriptoma, avancos em tecnologias de sequenciamento, bem como analises em bioinformatica, contribuiram para elucidar o que estava sendo transcrito. Tais regioes foram denominadas como RNAs nao-codificadores ou non-coding RNA (ncRNA) que eram transcritas, mas nao traduzidas em proteinas. Apesar da quantidade de metodos para o estudo in silico dos ncRNAs, existem lacunas a serem preenchidas nas pesquisas desta molecula, tais como: metodos de anotacao em geral, caracterizacao de novas classes e mecanismos alternativos de busca por similaridade de sequencia primaria. Alem disso, nao se havia uma ferramenta que reunisse num unico local as informacoes dos bancos de dados publicos de ncRNA disponiveis. Neste trabalho, buscou-se preencher tais lacunas, contribuindo para o desenvolvimento de metodos computacionais nas pesquisas em ncRNAs. Foram utilizados os genomas de Hymenoptera e Diptera como sistema biologico para aplicar e testar os metodos desenvolvidos. / The classical vision of the central dogma of molecular biology was not changes dramatic until the end of the 20th century. At this time the scientific communities were interesting to understand what have in the regions of the genome known as \"Junk DNA\". Transcriptome projects together with sequencing Technologies anda bioinformatics analysis help to elucidate that this transcripts were regions that do not coding proteins and maybe has function. These transcripts are called non-coding RNA (ncRNA). Although there are a lot of computational approaches to the in silico research of ncRNA, there is a gap of research about this molecule such: approaches to the general annotation of ncRNA; identification of new classes of ncRNA; and alternatives search mechanisms of ncRNA. Besides that, there are not any central repository of public non-coding RNA databases that could help search for the information about it. In this report, we fill this gap. We tried to contributing to the development of computational methods in research on ncRNAs. We also used the Hymenoptera and Diptera genomes as a biological system to apply and test our developed approaches.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:teses.usp.br:tde-24092013-211625 |
| Date | 13 April 2012 |
| Creators | Alexandre Rossi Paschoal |
| Contributors | Alan Mitchell Durham, Zila Luz Paulino Simoes, Ivan Gesteira Costa Filho, André Fujita, Tiago Campos Pereira, Claudia Barros Monteiro Vitorello |
| Publisher | Universidade de São Paulo, Bioinformática, USP, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP, instname:Universidade de São Paulo, instacron:USP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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