Orientador: Prof. Dr. Márcio Katsumi Oikawa / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, 2016. / No Brasil, há grande variação da prevalência de doenças infecciosas, dentre as quais
podemos destacar as hepatites B e C. Um dos fatores que pode in
uenciar o tratamento é
a realização de um diagnóstico preciso e rápido do genótipo do vírus que ataca o paciente.
Esse diagnóstico norteará todos os procedimentos clínicos de tratamento de curto, médio
e longo prazo, além de permitir indicar com maior precisão a lista de medicamentos
usados pelo paciente e acompanhar historicamente a in
uência do tratamento na sua vida
cotidiana.
Em muitos casos ocorre a resistência da doença a um determinado medicamento, resistência associada à presença de mutações em regiões específicas do DNA. O processo de
compreensão da resistência é dinamico e depende de muitas observações e testes, no entanto, pode ser estruturado com regras e expressões representadas pela lógica de primeira ordem, pois esta ultima fornece sentenças abrangentes sob a forma de quantificadores e
operações sobre variáveis.
Nesse contexto, esse projeto se propõe a implementar uma gramática capaz de interpretar
expressõess em lógica de primeira ordem, aplicados a análise de dados biológicos
e a diversos contextos semânticos. A gramática foi desenvolvida na linguagem de programação Java, com o auxílio da ferramenta ANTLR e empregada por uma biblioteca,
nomeada de BIAR (Biblioteca de Análise de Regras). Na forma de biblioteca, o BIAR,
pode ser utilizado sozinho ou acoplado com outros softwares.
Na seleção resultados encontramos um estudo de caso sobre sua aplicabilidade para a
composição de regras de tratamento usando medicamentos. Desta forma, o BIAR demonstra
condições de analisar expressões levando em consideração características clinicas e epidemiol
logicas, oferecendo um grau maior de especifcidade para as analises de sequencias,
baseado no historico de pacientes de centros hospitalares da cidade de São Paulo. / In Brazil, there is wide variation in infectious diseases prevalence, among which we
highlight the hepatitis B and C. One of the factors that may in
uence the treatment is
to perform an accurate and rapid identication of the virus genotype that infected the
patient. This diagnosis will guide all clinical procedures in short, medium and long term
treatments, and also allows to state more precisely the list of medicines that will used by
the patient and to track the in
uence of treatment in their daily lives.
In many cases, there may be a disease resistance to a particular drug which is associated
to the presence of mutations in specic regions of DNA. The process of understanding
the resistance is dynamic and depends on many observations and exams. However, it
can be structured with rules and keywords represented by rst-order logic, that provides
comprehensive decisions as quantiers of operations on variables.
In this context, this project aimed to implement a lexical grammar capable of interpreting
expressions in rst-order logic, applied to biological data analysis and dierent
semantic contexts. The grammar was developed in Java programming language, with the
help of ANTLR tool, and employed by a library named BIAR (Analysis of rules library).
In its library format, the BIAR may be used alone or coupled with other softwares.
In the Results section, we present a case study about its applicability to the development
of procedures in treatments with drugs. Therefore, BIAR demonstrates the abilities
to analyze expressions according to clinical and epidemiological characteristics, providing
a higher degree of specicity for analysis of sequences, based on the medical histories of
patients from hospitals centers in S~ao Paulo city.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:BDTD:103612 |
| Date | January 2016 |
| Creators | Vasconcelos, Sheila Nunes de |
| Contributors | Oikawa, Marcio Katsumi, Santos, Carlos da Silva dos, Araújo, Luciano Vieira de |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf, 94 f. : il. |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFABC, instname:Universidade Federal do ABC, instacron:UFABC |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| Relation | http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=103612&midiaext=73169, http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=103612&midiaext=73170, Cover: http://biblioteca.ufabc.edu.brphp/capa.php?obra=103612 |
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