Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP) est un pathogène important,
entrainant des pertes économiques de 130 millions de dollars annuellement au Canada. La
surveillance est effectuée par séquençage Sanger du gène ORF5 mais nous croyons que le
séquençage du génome entier (SGE) du VSRRP permettrait une meilleure surveillance
épidémiologique comparé au séquençage du gène ORF5.
Pour développer une méthode efficace de SGE du VSRRP, 149 échantillons (sérums, poumons,
tissus, autres) d’animaux malades ou récoltés pour fin de surveillance ont été analysés. L'ARN viral
a été concentré par enrichissement d'ARN à queue poly (A) et le séquençage effectué sur une
plateforme Illumina. Le SGE a été efficace dans 67,11% des échantillons, réussissant dans certains
échantillons de poumons et de sérums possédant une valeur de quantification (Cq) du virus par RTqPCR
jusqu’à 26,50 et 34.13, respectivement. La méthodologie développée de SGE du VSRRP a
été 4650 fois plus sensible que les méthodes décrites précédemment.
Pour quantifier l’impact du SGE, 88 échantillons (dont le SGE a réussi) ont été utilisés pour
comparer le SGE au séquençageORF5. Deux génomes de VSRRP différents ont été trouvés dans
quatre échantillons différents (taux de coinfection de 4,55%). Six génomes de VSRRP (6,52% des
souches) ont été classés différemment par rapport à la classification ORF5. Ainsi, le SGE du
VSRRP a permis une meilleure caractérisation de 9,10% des échantillons VSRRP positifs comparé
au séquençage ORF5.
Donc, le SGE du VSRRP est à la fois sensible et plus précis que la classification par l’ORF5. / Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is an important pathogen, costing
over 130 million dollars annually in Canada. Surveillance is done by Sanger sequencing of the
ORF5 gene, but we hypothesized that whole genome sequencing (WGS) of PRRSV genome will
allow a better epidemiological monitoring of PRRSV compared to ORF5 gene sequencing.
To develop an efficient method of PRRSV WGS, 149 PRRSV samples (sera, lungs, pool of tissues
and others) collected for surveillance or from sick animals were tested. Viral RNA was
concentrated using a poly(A) tailed RNA enrichment method, and sequencing was done on an
Illumina platform. WGS was successful in 67.11% of cases. WGS was successful in some tissues
and lungs samples with RT-qPCR cycle quantification (Cq) values up to 26.50, and in some sera
with Cq value up to 34.13. The developed WGS methodology was 4650 times more sensitive for
PRRSV WGS than previously described methods.
To quantify the impact of WGS, 88 successful samples for the WGS of PRRSV were used to
compare efficiency of WGS and ORF5 sequencing. Two different full-length genomes of PRRSV
were found in four of those samples (coinfection rate of 4.55%). Six full-length PRRSV genomes
(6.52% of PRRSV strains) were found to cluster differently compared to ORF5 sequencing. WGS
of PRRSV also enabled a better classification or characterisation of 9.10% of the PRRSV infected
samples compared to ORF5 sequencing.
Thus, WGS can be both sensitive and more accurate then ORF5 classification for the
characterisation of PRRSV strains.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:umontreal.ca/oai:papyrus.bib.umontreal.ca:1866/24260 |
| Date | 04 1900 |
| Creators | Lalonde, Christian |
| Contributors | Gagnon, Carl A. |
| Source Sets | Université de Montréal |
| Language | fra |
| Detected Language | French |
| Type | thesis, thèse |
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