La bactérie responsable de chancre sur bois, Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa), a causé trois épidémies depuis les années 1980 et se décline en trois biovars. La plus récente et dévastatrice (causée par Psa biovar 3), a été détectée pour la première fois en 2008 en Italie et s’est rapidement répandue dans la majorité des pays producteurs de kiwi, dont en France en 2010. Nous avons analysé la diversité de 280 souches de P. syringae isolées de kiwi en France. La caractérisation biologique et l’analyse phylogénétique des souches par MLSA ont révélé que les biovars 1, 2 et 3 appartenaient à une même lignée génétique, groupant également P. s. pv. theae. Les souches de biovar 4 constituent un ensemble de 4 lignées génétiques distinctes qui ont été rassemblées au sein d’un nouveau pathovar (Pseudomonas syringae pv. actinidifoliorum (Psaf)). Ces souches sont caractérisées par une pathogénie réduite (taches foliaires mais pas de chancre). Cette nouvelle classification permet une meilleure gestion des épidémies de chancre bactérien du kiwi. Le développement d’un schéma MLVA composé de 11 VNTRs a permis d’étudier la structuration génétique de populations de Psa biovar 3, de révéler de la diversité au sein de ce pathovar et d’identifier l’origine italienne de l’épidémie en France. Le séquençage du génome de cinq souches de Psaf et la comparaison de ces séquences avec celles d’autres génomes de Psa et Psaf, disponibles sur NCBI, a permis le développement d’un nouvel outil de détection par PCR temps réel, plus spécifique de chaque biovar de Psa et de Psaf. La MLVA et la PCR temps réel développées ici contribueront à l’amélioration de la surveillance de Psa dans le monde. / The causal agent of bacterial canker, Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa),has been responsible ofthree epidemics since 1980’s.Psa is divided in three biovars. The most recent and severe outbreak (causedby Psa biovar 3) was detected for the first time in Italy in 2008. It has spread very quickly in the main kiwifruit producing countries, as in France in 2010. We analyzed the diversity of 280 strains of P. syringae isolated fromkiwifruit in France. The biological characterization and the phylogenetic analysis of the strains by MLSArevealed that the biovars 1, 2 and 3 belong to the same genetic lineage, which include P. s. pv. theae, as well.The biovar 4 strains, which are structured in 4 distinct genetic lineages, have been grouped in a new pathovar(Pseudomonas syringae pv. actinidifoliorum (Psaf)). These strains are characterized by a low virulence (onlyspots on leaves and no canker on wood). This new classification help with the management of the bacterialkiwifruit canker outbreaks. The development of an MLVA scheme composed of 11 VNTRs allowed to studythe genetic structuration of Psa biovar 3 populations, to reveal the diversity within this pathovar and to identifythe Italian origin of the epidemic in France. The genome sequencing of five Psaf strains and the comparisonbetween these sequences and those of Psa and Psaf genomes already available on NCBI, allowed thedevelopment of a new detection tool by real-time PCR, specific of each Psa biovar and of Psaf. The MLVA andthe real-time PCR based detection technique developed here will contribute to the improvement of the monitoringof kiwifruit bacterial canker around the world.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2015ANGE0018 |
| Date | 08 December 2015 |
| Creators | Cunty, Amandine |
| Contributors | Angers, Manceau, Charles |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text |
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