Usar algoritmos de Aprendizado de Máquina é um dos modos ecientes de extrair as informações de grandes bases biológicas. Sabendo-se que a quantidade de dados que são coletados cresce a cada dia, o uso de alguma técnica de seleção de atributos eficiente é, em alguns casos, essencial não só para otimizar o tempo do algoritmo de Aprendizado da Máquina a ser aplicado posteriormente como também para reduzir os dados, de forma que possa ser possível testá-los, por exemplo, em uma bancada de laboratório em algumas situações específicas. O objetivo deste estudo é propor uma abordagem utilizando árvores de decisão em um filtro iterativo, visando auxiliar na extração de informação de grande bases biológicas. Pois, com uma base de menor dimensionalidade, um especialista humano pode entender melhor ou ainda utilizar um algoritmo de Aprendizado de Máquina de forma mais eficaz. O filtro proposto pode utilizar qualquer classificador com um seletor de atributos embutido e qualquer métrica pode ser utilizada para determinar se o atributo deve ser escolhido. Foi fixado, neste estudo, o algoritmo utilizado como J48 e a área embaixo da curva ROC (AUC) como métrica. Em experimentos utilizando diversas bases de dados biomédicas, o filtro proposto foi analisado e sua capacidade de compressão e desempenho foram avaliados em cinco diferentes paradigmas de aprendizado de máquina, utilizando dois limiares diferentes para a métrica escolhida. O melhor limiar obteve uma capacidade de compressão de cerca de 50% dos dados em geral e 99.4% em bases de baixa densidade, geralmente grandes bases. Os valores AUC obtidos pelo filtro quando comparados com cinco algoritmos de paradigmas de aprendizado diferentes mostraram um desempenho melhor em quatro das cinco situações avaliadas. O filtro proposto foi depois analisado e comparado com outros seletores de atributos da literatura e o indutor sozinho. Quanto ao tempo gasto pelo filtro em relação aos outros ele se apresentou no mesmo patamar de 3 dos 4 seletores testados. Quando comparado em relação ao AUC o filtro proposto se mostrou robusto nos cinco indutores analisados, não apresentando nenhuma diferença significativa em nenhum dos cenários testados. Em relação aos indutores, o filtro apresentou um desempenho melhor, mesmo que não significante, em 4 dos 5 indutores. / Using Machine Learning algorithms is an eficient way to extract information from large biological databases. But, in some cases, the amount of data is huge that using an eficient featured subset selection is, in some cases, essencial not only to optimize the learning time but also to reduce the amount of data, allowing, for example, a test in a laboratory workbench. The objective of this study is to propose an approach using decision trees in a iterative filter. The filter helps information extraction from large biological databases, since in a database with few dimensions a human specialist can understand it better or can use Machine Learning algorithms in a more efective way. The proposed lter can use any classier with embed featured subset selection and can use any performance metric to determine which attribute must be chosen. In this study, we have fixed the algorithm used within the filter as J48 and AUC was used as metric for performance evaluation. In experiments using biomedical databases, the proposed filter was analyzed and its compression capacity and performance were tested. In five diferent Machine Learning paradigms, using two diferent thresholds for the chosen metric. The best threshold was capable of reducing around 50% of the data using all databases and 99.4% on the small density bases, usually high dimensional databases. AUC values for the filter when compared with the five algorithm got a better performance in four of five tested situations. The proposed filter then was tested against others featured subset selectors from the literature, and against the inducer alone. Analyzing time the proposed lter is in the same level as 3 of 4 of the tested selectors. When tested for AUC the proposed selector shows itself robust in the five inducers tested, not showing any signicant diference in all tested scenarios. Against the inducers alone our filter showed a better performance, even not signicant, in 4 of the 5 inducers.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:teses.usp.br:tde-10122013-185844 |
| Date | 24 September 2013 |
| Creators | Oscar Picchi Netto |
| Contributors | José Augusto Baranauskas, Joaquim Cezar Felipe, Wilson Araújo da Silva Junior |
| Publisher | Universidade de São Paulo, Bioinformática, USP, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | Portuguese |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Source | reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP, instname:Universidade de São Paulo, instacron:USP |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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