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Previous issue date: 2014-05-30 / Financiadora de Estudos e Projetos / The polifasic taxonomy approach became indispensable in classification of living beings, especially microorganisms, such as Chlorophyceae. This class is compound of very distinct organisms most microscopic, unicellular, colonials, filamentous, and the classification and identification is many times hampered due the lack of structures observable that helps the discrimination. Some habits, reproduction, the occurrence of cryptic species are some factors that can lead to forms that make difficult the taxonomy of these organisms. Besides the traditional morphology, the molecular biology allows a robust concerning the classification of the studied organism. Associated to a better classification, the search for faster and more practical methods of identification, as DNA Barcode, became intensified and many molecular markers are available in literature to be tested. For some groups of animals, brown algae, red algae and diatoms the marker COXI is considered an official DNA Barcode. However other groups, as Chlorophycea, are under constant investigation, due the fact that molecular marker that can be used satisfactory as DNA Barcode have not been found yet. Plastid markers as tufA, rbcL and nuclear as ITS are some of the most proposed to be applied in green algae, often combined with each other or other markers. However, for act as a molecular marker, it is necessary to be amplified by primers broadly applied. The present study has tested primers for tufA, ITS and rbcL marker, available in literature and already in use in other groups, looking for universality in Chlorophyceae. We also tested proposed universal primers for Chlorophyta (UCP4). Moreover, preliminary analyses have been performed for application of the markers as barcode in the class. The primers used for tufA marker showed universality in Chlorophycea amplifying for all 22 strains tested and sequencing have failed only for Oedogonium strain. From the rbcL marker, the primer pair GrbcL has amplified 12 and sequenced 7 of 22 strains and rbcLFP which one the reverse primer was designed in this study amplified and sequenced 16 lineages. Primers from the ITS marker amplified only 5 lineages and UCP4 primers have not amplified any strain. Beside the universality found for tufA primers, Analysis with the obtained sequences showed that the tufA gene is a promising molecular marker to be applied in Chlorophyceae. / A abordagem polifásica de taxonomia se tornou indispensável na classificação especialmente de microorganismos, como os da classe Chlorophyceae. Esta classe é composta de organismos muito distintos, sendo a maioria microscópica, apresentando formação do talo unicelular, colonial e filamentosa e a classificação e identificação dos representantes desta classe são muitas vezes dificultadas pelo fato de não possuírem estruturas observáveis em microscópio usadas para discriminação. Alguns hábitos e tipos de reprodução, a ocorrência de espécies crípticas são alguns fatores que podem resultar em formas que também dificultam a taxonomia destes organismos. Associada a uma classificação mais robusta, a procura por métodos mais rápidos e práticos, como o DNA Barcode, se intensificou e muitos marcadores moleculares já se encontram disponíveis na literatura para serem testados. Para alguns grupos de animais, algas pardas, algas vermelhas e diatomáceas o marcador COXI é considerado oficial como DNA Barcode. Entretanto, outros grupos como Chlorophyceae este marcador não é aplicável devido a sua natureza conservada e, portanto, estão sob constante investigação, devido ao fato de que ainda não foram encontrados marcadores que possam ser aplicados satisfatoriamente como DNA Barcode. Marcadores plastidiais como tufA, rbcL e nucleares como o ITS são alguns dos mais aplicados em estudos com algas verdes, muitas vezes combinados entre si ou com outros marcadores. Entretanto para que figurem como marcadores moleculares devem ser amplificados por primers que possam ser aplicados de maneira ampla. Assim, o presente estudo teve como objetivo testar primers para os marcadores tufA, ITS, rbcL , disponíveis na literatura e já aplicados com outros grupos, buscando a universalidade destes primers também em Chlorophyceae. Foi testado também um par de primers proposto como universal para Chlorophyta (UCP4). Os primers para o gene tufA mostraram universalidade para a classe amplificando todas as 22 cepas testadas com falha no seqüenciamento apenas para a cepa de Oedogonium sp.Os primers para o gene rbcL, GrbcL, amplificou 12 e seqüenciou satisfatoriamente 7 cepas das 22 utilizadas, e o par rbcLFP, o qual teve um de seus iniciadores desenhado neste estudo, amplificou e seqüenciou 16 cepas. Primers para o gene ITS amplificaram 5 cepas com bom seqüenciamento de apenas 3 e o par de primers UCP4 não amplificou nenhuma cepa. Além da universalidade observada do par de primers para o gene tufA, análises com as seqüências obtidas mostraram que este gene se mostrou um promissor candidato a marcado molecular para aplicação na classe Chlorophyceae.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:IBICT/oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/2108 |
| Date | 30 May 2014 |
| Creators | Vieira, Helena Henriques |
| Contributors | Vieira, Armando Augusto Henriques |
| Publisher | Universidade Federal de São Carlos, Programa de Pós-graduação em Ecologia e Recursos Naturais, UFSCar, BR |
| Source Sets | IBICT Brazilian ETDs |
| Language | Portuguese |
| Detected Language | English |
| Type | info:eu-repo/semantics/publishedVersion, info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| Format | application/pdf |
| Source | reponame:Repositório Institucional da UFSCAR, instname:Universidade Federal de São Carlos, instacron:UFSCAR |
| Rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
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