Ce travail a été réalisé au sein d'un vaste programme d'étude géomicrobiologique des déserts chauds (faisant partie du programme Géomicrobiologie des milieux extrêmes, Geomex, du CNRS). Nous avons étudié le sable des dunes de Merzouga, Maroc, et la communauté de<br />bactéries qui vit à la surface des grains de sable. Nous avons décrit la diversité bactérienne à l'échelle d'un échantillon de sable, par séquençage de l'ADNr 16S. Nous avons considéré les bactéries cultivables et la diversité<br />totale par extraction d'ADN du sable. La faible biomasse, liée aux stress de l'environnement désertique, ne se traduit pas par une réduction de la diversité bactérienne (environ 750 taxons sont présents), mais par une très<br />faible fréquence de chacun des taxons, mesurée en individus par taxon et par gramme de sable.<br /><br />Nous avons réalisé une caractérisation fine des grains qui constituent le sable et défini six catégories de grains, selon les phases qui constituent la masse du grain mais aussi les placages (notamment d'oxydes de fer et de<br />matière organique) à la surface des grains. Une approche originale de culture grain-par-grain a permis d'étudier la diversité bactérienne sur chacune des phases minérales. Cette approche a permis d'augmenter très sensiblement<br />le taux de mise en culture (nombre de bactéries cultivables par rapport au nombre total estimé de cellules), et de révéler une diversité différente de la<br />diversité globale initialement décrite. Nous avons mis en évidence des groupes bactériens adhérant particulièrement fermement aux minéraux.<br /><br />Enfin, nous avons commencé à réaliser une estimation des conditions requises pour l'activité bactérienne. Pour cela nous avons incubé le sable dans des chambres où l'humidité relative de l'air était contrôlée. Les différents niveaux d'humidité relative de l'air ont été définis à partir d'enregistrements météorologiques détaillés de la région de Merzouga. La première conclusion à laquelle nous sommes parvenus est que seule l'humidité correspondant aux fins de nuits d'hiver permet un développement bactérien rapide.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:CCSD/oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-00261542 |
| Date | 20 September 2005 |
| Creators | Gommeaux, Maxime |
| Source Sets | CCSD theses-EN-ligne, France |
| Language | French |
| Detected Language | French |
| Type | PhD thesis |
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