Le phytopathogène Agrobacterium tumefaciens est l'agent causal de la maladie appelée galle du collet, et est capable d'infecter plus de 90 familles de plantes dicotylédones. Cette ∝-protéobactérie appartient à la famille Rhizobiaceae. A. tumefaciens est un complexe de différentes espèces regroupées en 10 génomovars (G1 à G8 et G13). A. tumefaciens C58 appartient au groupe du G8. Son génome est constitué de 4 réplicons : 1 chromosome circulaire, 1 chromosome linéaire et des 2 plasmides dispensables : pAt (pour A.tumefaciens) et pTi (pour Tumor inducing, qui est requis pour la virulence). Pour explorer de nouveaux aspects du mode de vie d’A. tumefaciens, et en particulier l'interaction entre la bactérie et sa plante hôte, deux approches différentes ont été utilisées pour identifier, caractériser et analyser les gènes qui pourraient jouer un rôle dans l'adaptation des bactéries à la tumeur. Une expérience de l'évolution par des passages en série de trois souches différentes de l'agent pathogène sur la plante hôte Solanum lycopersicum a été effectuée afin de clarifier la dynamique évolutive du génome au cours de l'infection. Parallèlement, une étude de différents transcriptomes (in planta et in vitro) a été réalisée et étudiée pour élucider des gènes bactériens candidats impliqués dans l'interaction de la bactérie avec la plante et divers composés produits dans la tumeur. Ce travail tente de donner une vue plus générale du processus d'adaptation de la bactérie à la niche écologique qui est la tumeur. / Agrobacterium tumefaciens is the causal agent of the plant disease called crowngall, and it’s able to infect more than 90 families of dicotyledonous plants. It is an α-Proteobacterium and belongs to the Rhizobiaceae family. A. tumefaciens is a complex of different species grouped in 10 genomovars (G1 to G8, and G13). A. tumefaciens C58 belongs to the G8 group. Its genome consists in 4 replicons: 1 chromosome circular, 1 chromosome linear and 2 dispensable plasmids: pAt (for A. tumefaciens) and pTi (for Tumor inducing), which is required for virulence. To explore new aspects of the A. tumefaciens lifestyle, and in particular the interaction between the bacteria and its plant host, two different approaches have been used to identify, characterize and analyze genes that could play a role in the adaptation of the bacteria to tumor lifestyle. An evolution experiment by serial passages of three different strains of thepathogen on the host plant Solanum lycopersicum has been carried out to clarify the evolutionary dynamics of the genome during the course of infection. In parallel, a study of different transcriptomes (in planta and in vitro) was performed and studied to elucidate bacterial candidate genes involved in the interaction of the bacteria with the plant and various compounds produced in the tumor. This work attempts to give a more general view of the process of adaptation of the bacteria to the ecological niche that is the tumor.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:theses.fr/2017SACLS130 |
| Date | 08 June 2017 |
| Creators | González Mula, Almudena |
| Contributors | Paris Saclay, Faure, Denis |
| Source Sets | Dépôt national des thèses électroniques françaises |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation, Text, Image, StillImage |
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