A large dataset of test-day milk records for cows having calved between January 2000 and May 2007, was obtained from the Quebec Dairy Herd Improvement Programme, Valacta, Quebec, Canada. This dataset contained 919,814 test-day milk yield records from 45520 Ayrshire cows on 956 dairy farms, 133,690 records from 7493 Jersey cows on 910 dairy farms, and 118,996 records from 5693 Brown Swiss on 476 dairy farms. Test-day records from the first three parities after editing served in the estimation of genetic parameters using a Restricted Maximum Likelihood method. The genetic parameters of six milk yield traits — milk, fat, lactose and protein yields, somatic cell score, and milk urea nitrogen (MUN) — were estimated using various random regression test-day models in the first three parities separately. Random regression test-day animal models for a single trait with Legendre polynomials of 2nd to 4th order and the Wilmink function with an exponential term of 0.01 to 0.09 with a step size of 0.02 were used for the estimation of daily heritability of the traits. Bivariate random regression test-day animal models with Legendre polynomials as regression coefficients served to estimate genetic and permanent environmental correlations among the milk yield traits. Single-trait random regression models were compared using BIC, AIC, residual sum of squares and mean absolute error. The models using Legendre polynomials for the fixed and random effects were among the best models; the Wilmink function resulted in unrealistic heritability estimates for some of the traits. For Ayrshire cows, mean heritability estimates were 0.39, 0.30 and 0.41 for MUN and 0.39, 0.20 and 0.33 for lactose yield, in the 1st, 2nd and 3rd parities, respectively. For Brown Swiss cows, mean heritability estimates were 0.28, 0.26 and 0.13 for MUN, and 0.30, 0.20 and 0.42 for lactose yields, in the 1st, 2nd and 3rd parities, respectively. Likewise, for Jersey cows, mean heritability estimates were 0.26, 0.20 and 0.14 for MUN, and 0.42, 0.51 and 0.12 for lactose yield, in the 1st, 2nd and 3rd parities, respectively. The largest heritability estimates were obtained for the Ayrshire breed in the first parity and the lowest estimates were obtained for the Jersey and Brown Swiss breeds, particularly in the later parities. Genetic correlations of MUN with other yield traits were negative and near zero in the 1st parity for Ayrshire cows, with the exception of SCS, where the genetic correlation was positive and near zero. In the 2nd parity the genetic correlations of MUN with other yield traits were positive and low. In the 3rd parity the genetic correlations of MUN with other yield traits were positive and low, except the genetic correlations with SCS, which was positive and moderate. The genetic and permanent environmental correlations between MUN and other yield traits were close to zero. The genetic and permanent environmental correlations among milk fat, protein and lactose yields were positive and high in the first three parities for the three breeds. The genetic correlation and permanent environment correlation between SCS and all other traits were negative and moderate to high except in the 1st and 2nd parity for the Jersey breed, where genetic correlations between MUN and SCS were positive and near zero. / Le Programme d'analyse des troupeaux laitiers du Québec (Valacta, Québec, Canada) a fourni une imposante base de données de relevées laitiers au jour du contrôle pour des vaches ayant vêlé entre janvier 2000 et mai 2007. Cette base de données contenait 919,814 relevées de production laitière au jour du contrôle provenant de 45520 vaches de race Ayrshire sur 956 fermes laitières, 133,690 relevés provenant de 7493 vaches de race Jersey sur 910 fermes laitières, et 118,996 relevés de 5693 vaches de race Suisse Brune sur 476 fermes laitières. Les relevées au jour du contrôle pour les trois premiers rangs de vêlage une fois édités servirent à faire l'estimation de paramètres génétiques grâce à une méthode de maximum de vraisemblance restreint. Pour chacun des trois premiers rangs de vêlage, les paramètres génétiques de six caractères laitiers, soit le rendement en lait, gras, lactose, et protéine totale, la cote de cellules somatiques et la teneur en azote uréique (TAU), furent estimés à l'aide de divers modèles de régression aléatoire de jour du contrôle. Des modèles de régression aléatoire, utilisant des polynômes de Legendre de 2e à 4e ordre ou une fonction Wilmink avec un terme exponentiel variant de ¬-0.01 to -0.09 en pas de 0.02, servirent à l'estimation des niveaux d'héritabilité quotidiens de chacun de ces caractères. Des modèles de régression aléatoire à deux variables de jour du contrôle pour animaux avec polynômes de Legendre comme coefficients de régression, servirent à l'estimation des corrélations génétiques et environnementales entre les caractères du rendement laitiers. L'exactitude des modèles de régression aléatoire à simple variable furent comparés selon le critère d'information Bayésien (CIB), le critère d'information de Akaike (CIA), la somme des carrés résiduelle, et l'erreur absolue moyenne. Les modèles utilisant les polynômes de Legendre pour les effets fixes et aléatoires furent parmi les meilleurs, tandis que pour certains caractères la fonction Wilmink mena à des estimées irréalistes de l'héritabilité. Pour les vaches de race Ayrshire cows, les héritabilités estimées moyennes furent de 0.39, 0.30 et 0.41 pour la TAU et de 0.39, 0.20 et 0.33 pour le rendement en lactose, pour les 1e, 2e, et 3e rangs de vêlage, respectivement. Pour les vaches de race Suisse Brune estimées moyennes furent de 0.28, 0.26 et 0.13 pour la TAU, et 0.30, 0.20 et 0.42 pour le rendement en lactose, pour les 1e, 2e, et 3e rangs de vêlage, respectivement. De façon semblable, pour les vaches de race Jersey, les héritabilités estimées moyennes furent de 0.26, 0.20 et 0.14 pour la TAU, et 0.42, 0.51 et 0.12 pour le rendement en lactose, pour les 1e, 2e, et 3e rangs de vêlage, respectivement. À l'exception faite de la cote de cellules somatiques, avec laquelle la corrélation génétique était très petite mais positive, des corrélations génétiques négatives mais proches de zéro existèrent entre la TAU et les autres caractères du rendement pour le 1e rang de vêlage des vaches de la race Ayrshire. Pour les 2e et 3e rangs de vêlage les corrélations génétiques furent petites et positives, à l'exception de celles pour la cote de cellules somatiques au 3e rang de vêlage, où la corrélation génétique était positive et modérée. Donc, en général, la corrélation génétique et la corrélation environnementale entre la TAU et les autres caractères de rendement furent proches de zéro. Ces mêmes corrélations furent positives et élevées entre le rendement en gras, protéine et lactose du lait pour les trois premiers rangs de vêlage des trois races. A l'exception du 1e et 2e rang de vêlage de la race Jersey où les corrélations entre la TAU et la cote de cellules somatiques s'avérèrent positifs mais proches de zéro, les corrélations entre la cote de cellules somatiques et les autres caractères s'avérèrent négatifs, variant de modéré à élevé.
| Identifer | oai:union.ndltd.org:LACETR/oai:collectionscanada.gc.ca:QMM.117078 |
| Date | January 2013 |
| Creators | Bajwa, Imran |
| Contributors | Roger I Cue (Supervisor) |
| Publisher | McGill University |
| Source Sets | Library and Archives Canada ETDs Repository / Centre d'archives des thèses électroniques de Bibliothèque et Archives Canada |
| Language | English |
| Detected Language | French |
| Type | Electronic Thesis or Dissertation |
| Format | application/pdf |
| Coverage | Doctor of Philosophy (Department of Animal Science) |
| Rights | All items in eScholarship@McGill are protected by copyright with all rights reserved unless otherwise indicated. |
| Relation | Electronically-submitted theses. |
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